| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,058,652 | G→C | 6.8% | intergenic (‑242/+14) | serA ← / ← rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,058,652 | 0 | G | C | 6.8% | 192.7 / 5.1 | 59 | intergenic (‑242/+14) | serA/rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/29); new base C (2/2); total (28/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.89e-01 | |||||||||||
CGCCTTCTACCAGCAGAAACTTAATCTTGTCTTTCTCCAGCGATACCTTTGCCATTTACCCAATCCTGTCTTTTGAAATGTTGTGTGCGGATTTGCATCCGCCTTTCAACATATCAAAAAATAATATTGCGGCAATATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTCCCCCGTCAGATCATTTCACAATGGTTTTGACACCGTCAGGTGTGCCAATCAGCGCAACGTCCGCGCCACGGTTAGCAAACAAGCCAACAGTCACCACGCCAGGAATCGCATTTATGGCGTTTTCCATCGCTATCGGGTCAAGGATTTCCATGCCGTGGACGTCGAGGATCACGTTGCCATTATCGGTCACCACGCCCTGACGGTATTCCGGACGACCGCCCAGTTTCACCAGCTGACGCGCCACTGCACTACGTGCCATCGGGATAACTTCTACTGGCAGCGGGAATTTACCC > NC_000913/3058356‑3058948 | cGCCTTCTACCAGCAGAAACTTAATCTTGTCTTTCTCCGGCGATACCTTTGCCATTTACCCAATCCTGTCTTTTGAAATGTTGTGTGCGGAGTTGCATCCGCCTTTCAACATATCAAAAAATAATATTGCGGCAATATGAACGTTTGCGTCGCGATGTTGAGGAAATATCACGCAAAGGTAATTCTTGGATGAATATGCTGGTTTAGAGGATTTATTTAGAGCAATCGACAATTGCCTGGTAAAAGCGTGACACATGTCACCAAATTTAATGAAGAGAATTTTTTTAACGGGGGAGGTTcc < 1:507214/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |