| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,993,889 | T→A | 5.9% | intergenic (+33/‑50) | ygeI → / → pbl | uncharacterized protein/pseudogene, peptidoglycan‑binding enzyme family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,993,889 | 0 | T | A | 5.9% | 216.1 / 3.0 | 68 | intergenic (+33/‑50) | ygeI/pbl | uncharacterized protein/pseudogene, peptidoglycan‑binding enzyme family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/31); new base A (2/2); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGATGTAAAGACCATTGGCCTGGACAATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCAATCGGTATCAATAATTTATCTCAAAGTTCAAATATAGCGAATGCAACGGGTGATGAAGTCGTATCATTAGATAAACACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAATCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTTATAATAGTATCTCGTTCCTTTCATTCAATCCTCACACATGAAAAAATATGCGCTCACCAAAAGTTAAATTCTTAACCATCTTCACGTTTTGTATATTTATTACAAAAATGTCTTTCGCCAGCAACTCTTGCTCTAATGAAGCAGGAACAATGTTCAGAATCGAACCAAATTTAATTAAAGCTATCGCTCTTGTTGAAAGCAATCTAAAAAAGGATAGCATAGGCAAGAACAGAGATAAGAATAACAATATAAAGAGTTTAGATTATTGGTTAATGCAGATAAACCAGATGCATATT > NC_000913/2993593‑2994187 | ttgatgTAAAGACCATTGGCCTGGACAATTAAAAAAGGGAGCTTTATGACTAATCCAATCGGTATCAATAATTTATCTCAAAGTTCAAATATAGCGAATGCAACGGGTGATGAAGTCGTATCATTAGATAAACACATCAACACCAGTGCTACTGATACAGATCAAATACAAGCATTTATAGTTTCAACATGGATGGCGCCTTTTCAAAATGATATGTATTCAGAAGATAAGCCTATCTCACCTTACTATAAAATTGAGTGGTAGACGATTGACCAAATAAATCATAACGAGATACTTTtat < 2:616411/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |