| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,597,707 | T→C | 6.4% | intergenic (‑89/+124) | purC ← / ← bamC | phosphoribosylaminoimidazole‑succinocarboxamide synthetase/BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,597,707 | 0 | T | C | 6.4% | 181.6 / 2.0 | 65 | intergenic (‑89/+124) | purC/bamC | phosphoribosylaminoimidazole‑succinocarboxamide synthetase/BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/33); new base C (2/2); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
GTCGGGATACCCGCTTCAGCCAGTTTGCTCATAATGAAGTAGTTGAACTTGTTGTTCACCATACCTTTGCGATCAAACTGCTCAATGCGCGCGCCATCCCCTGCTGACGTATCATTGCGGAATTCGAGCACCAACAGGTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGCGTATCATATCAGAAAAAAGGGCCGGATGATTCCAGCCCTGTATTTTTACTTGCTAAACGCAGCCTGGAAGACAGCTACCAGCGCGTCGTTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCC > NC_000913/2597416‑2598003 | gTCGGGATACCCGCTTCAGCCAGTTTGCTCATAATGAAGTAGTTGAACTTGTTGTTCACCATACCTTTGCGATCAAACTGCTCAATGCGCGCGCCATCCCCTGCTGACGTATCATTGCGGAATTCGAGCACCAACAGGTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCAGAACt > 2:582325/1‑301 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |