| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,311,831 | C→T | 8.6% | intergenic (+23/+17) | tonB → / ← yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,831 | 0 | C | T | 8.6% | 141.1 / 3.0 | 52 | intergenic (+23/+17) | tonB/yciA | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex/acyl‑CoA esterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/23); new base T (3/2); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
CTTCAGGACCACGCGCATTAAGCCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAAT‑ATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCGTGGGCAATTTCTTTTGCCAGAATAGCGCCG > NC_000913/1311537‑1312124 | cTTCAGGACCACGCGCATTAAGCCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGTCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAAT‑ATCCTGTTTAAAATTAACGGCACACCCGAAATTCAGAAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAgg > 1:458178/1‑301 (MQ=255) 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cgTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAAT‑ATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑CCTATTACTCAACAGGTAAGGCACGAGGTTTTCATTCCGGATCAACCCAGCCATACTTAACTAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCATTTCCCAATTGCATCAGAAGc > 1:397730/1‑301 (MQ=255) ccggtctgCCAAGCCTTCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAAT‑ATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCacac < 1:628095/294‑1 (MQ=255) tctgagccaatgtgtctaaCAGGTTTGAGCGTGGGGTGAAAAATGCGATGCGGAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATGGTGGTGAAT‑ATCCGGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACtt < 1:329849/284‑1 (MQ=255) 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aGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCGTGGGCAATTTCTTTTGc < 2:469789/301‑1 (MQ=255) cAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGCTCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCCTAGCAGCACACCACATAGCAGACCGCAACCGGCCGACAGCAAGTCATTCCTTCAACCAGCACAGTCACTACGCCCACGTGGGCAATTTCTTTTCCCAGaaca > 1:500018/1‑299 (MQ=255) cAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAAGATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAACACACCACACAGCCGACCGCAACCGACCGTCAGACACTCAATCCTTCAACCCACCCAGTCACAACGCCACCCGGCACAATTTCTTTTCCCataata > 1:499997/1‑301 (MQ=255) aaaGCCTCCGGTCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCGTGGGCAATTTCTTTTGCCAGAATAga > 2:640656/1‑300 (MQ=255) aaaGCCTCCGGTCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGCCACTAACCGACCGTGGGCAATTTCttttagatcggaaga > 1:164786/1‑290 (MQ=255) ccTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCGTGGGCAATTTCTTTTGCCAGAATAGcgccc > 2:236299/1‑300 (MQ=255) | CTTCAGGACCACGCGCATTAAGCCGTAATCAGCCGCAGTATCCGGCACGAGCACAGGCATTGCGCATTGAAGGGCAGGTTAAAGTTAAATTTGACGTTACGCCGGATGGTCGCGTGGATAACGTACAAATCCTCTCAGCCAAGCCTGCGAACATGTTTGAGCGTGAGGTGAAAAATGCGATGCGCAGATGGCGTTATGAGCCGGGTAAGCCAGGCAGTGGGATTGTGGTGAAT‑ATCCTGTTTAAAATTAACGGCACCACCGAAATTCAGTAAGCAGAAAGTCAAAAGCCTCCGACCGGAGGCTTTTG‑ACTATTACTCAACAGGTAAGGCGCGAGGTTTTCCTTCAGGATCAACCGCGACATACTTAAATAATGCTTCTGTCGCTTTAT‑AGCGTTGCCCAATTGGTTCAGACGCTACTTTTTTCACCCACACTTCAATATTAATGCTGACCGATGTCGTCCCTTTCTGGACACAGCGTGCATAGCAGCACACCACATCGCCGACCGCAACCGGCCGTAAGAAAGTCATTCCTTCAACCCGCACAGTCACTACGCGACCGTGGGCAATTTCTTTTGCCAGAATAGCGCCG > NC_000913/1311537‑1312124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |