| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,272,546 | A→T | 7.9% | T14S (ACG→TCG) | chaC → | cation transport regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,272,546 | 0 | A | T | 7.9% | 145.8 / 3.1 | 51 | T14S (ACG→TCG) | chaC | cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/21); new base T (2/2); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
GATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCATCGCGCATTTTGCCTGCGCCTGACCGCCGGGCGCGGGACTGCGCACCAGCCGGGACGGATGCTTGCACTGAAAGAGGGCGGACGCACCACAGGCGTCGCCTATCGACTGCC > NC_000913/1272248‑1272841 | gatttcGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACg < 2:515567/296‑1 (MQ=255) aCGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGTTTTACAATCGGCAt < 2:539181/301‑1 (MQ=255) aCGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCaa > 2:322748/1‑300 (MQ=255) cGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTTATGAATGCGGATTTGAAAACgataac > 1:514895/1‑296 (MQ=255) 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aTGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCATCGCGCATTTTGCCTGCGCCTGACCGCCGGGCGCGGGACTGCGCACCAGCCGGGACGGATGCTTGCACTGAAAGAGGGCGGACGcctgtggtgcgtccgccc < 1:54595/301‑18 (MQ=255) gTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTCGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCATCGCGCATTTTGCCTGCGCCTGACCGCCGGGCGCGGGACTGCGCACCAGCCGGGACGGATGCTTGCCCTGAAAGAGGGCGGACGCACCACAGGCATCGCCTATCGACTGcc > 2:269830/1‑301 (MQ=255) | GATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCATCGCGCATTTTGCCTGCGCCTGACCGCCGGGCGCGGGACTGCGCACCAGCCGGGACGGATGCTTGCACTGAAAGAGGGCGGACGCACCACAGGCGTCGCCTATCGACTGCC > NC_000913/1272248‑1272841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |