| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 801,861 | G→C | 9.7% | intergenic (+50/‑26) | ybhH → / → ybhI | putative PrpF family isomerase/putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 801,861 | 0 | G | C | 9.7% | 196.0 / 11.0 | 62 | intergenic (+50/‑26) | ybhH/ybhI | putative PrpF family isomerase/putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base C (3/3); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
ATGCCGCATTCTTGCCATCGCGCGCTGGCGATAACCGGTGCTATTGCTATTTCCAGTAGTTGTGCATTGGAAGGCACCGTCACCCGACAAATCGTCCCTTCTGTAGGATACGGCAATATCAATATTGAACACCCCAGTGGTGCGCTCGACGTTCATTTAAGTAATGAAGGTCAGGATGCCACGACGTTACGCGCATCTGTTATTCGGACGACCAGAAAAATATTTTCCGGTGAAGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTCATACAGAAAGAACAGGATTTTAAATGAATAAGAAATCGTTATGGAAGCTAATTCTGATATTAGCGATCCCATGTATTATTGGTTTTATGCCAGCTCCGGCAGGATTAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTA > NC_000913/801563‑802151 | ttGCCGCATTCTTGCCATCGCGCGCTGGCGATAACCGGTGCTATTGCTATTTCCAGTAGTTGTGCATTGGAAGGCACCGTCACCCGACAAATCGTCCCTTCTGTAGGATACGGCAATATCAATATTGAACACCCCAGTGGTGCGCTCGACGTTCATTTAAGTAATGAAGGTCAGGATGCCACGACGTTACGCGCATCTGTTATTCGGACGACCAGAAAAATATTTTCCGGTGAAGTTTATCTTCCCTGAAAAAATTCGTTGTCAGGATAAGGACAATCAATAAAGGACTTCTGTATGAGTc < 2:30894/300‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |