Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,247,843 | +G | 6.5% | coding (71/663 nt) | yqjA → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,247,843 | 1 | . | G | 6.5% | 246.1 / 11.0 | 62 | coding (71/663 nt) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (26/32); new base G (2/2); total (28/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
CGGACATGTAATTTTGATAACGAACAACGTTGACCTTTGTTACAATTAGATTCAATTTGAATTTATGTTTTTGAATGCTTTCTTATCTCACGATTTAACAGGGAATAGTTCAGGCTGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCAAACGATTCTGCTGCTGACCGTTGCCGCCAGCCTCGGCTGCTGGGTCAGCTATATTCAGGGGCGATGGCTGGGCAATACCCGCACCGTACAAAACTGGCTATCTCATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATC > NC_000913/3247552‑3248143 | cGGACATGTAATTTTGATAACGAACAACGTTGACCTTTGTTACAAATAGATTCAATTTGAATTTATGTTTTTGAATGCTTTCTTATCTCACGATTTAACAGGGAATAGTTCAGGCTGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAAT‑CATCGATGGATTGGcca < 1:301535/301‑3 (MQ=255) tcttGTAATTTTGATTACGAACAACGTTGACCTTTGTTACAATTAGATTCAATTTGAATTTATGTTTTTGAATGCTTTCTTATCTCACGATTTAACAGGGAATAGTTCATGCTGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAATCCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAAT‑CATCGATGGATTGGccaggg < 1:517225/298‑6 (MQ=255) aatgtgtttttgtgaacggtggaggTTGATCGTTGTTATAATTATGTTGAGGTTGAATTTAGGTTTTTGAATGCTTTCTTAGCGCACGATTTAACAGGGAATAGTTCAGGCGGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGGAGTGCATCTTTTAAAGCCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTGGGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAATCCATCGAT‑GATTGGCAtgttg < 1:407048/277‑1 (MQ=255) tGTAATTTTGATAACGAACAACGTTGACCTTTGTTACAATTAGATTCAATTTGAATTTATGTTTTTGAATGCTTTCTTATCTCACGATTTAACAGGGAATAGTTCAGGCTGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGAGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATAGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAAT‑AATCGATGGATTGGccagggaga > 2:517897/1‑293 (MQ=255) 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CGGACATGTAATTTTGATAACGAACAACGTTGACCTTTGTTACAATTAGATTCAATTTGAATTTATGTTTTTGAATGCTTTCTTATCTCACGATTTAACAGGGAATAGTTCAGGCTGTGTTGATGTATCAAACCCGCAGAACATACCAAAACAGCAATAACATTGCGGTAGTGCATCTTTTAAAACCAGCGTGGCGTTAACCGATTCACCAGGAATAATGAATGGAACTTTTGACCCAATTGCTGCAAGCCCTGTGGGCGCAGGATTTTGAAACCCTG‑GCCAATCCATCGAT‑GATTGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGCGTGTTGATTGCGAAAGGCGCGATGGGCTATCCGCAAACGATTCTGCTGCTGACCGTTGCCGCCAGCCTCGGCTGCTGGGTCAGCTATATTCAGGGGCGATGGCTGGGCAATACCCGCACCGTACAAAACTGGCTATCTCATTTACCCGCGCATTATCATCAACGCGCACACCATCTTTTTCATAAACACGGTTTATC > NC_000913/3247552‑3248143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |