| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,382,089 | A→G | 5.0% | D48G (GAT→GGT) | ompG → | outer membrane porin G |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,382,089 | 0 | A→G | 5.0% | 2.7 ‑2.6 ‑0.0 | 140 | D48G (GAT→GGT) | ompG | outer membrane porin G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/6): ref base (76/53): total (79/61) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.51e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01 | ||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATAC‑AGGGGGAAGGCATTCCCCCAGGATAATAC‑AAGGAACAATAATGAAAAAGTTATTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGGCCTGCGCACAGGCCGAGGAAAGGAACGACTGGCACTTTAATATCGGCGCGATGTACGAAATAGAAAACGTCGAGGGTTATGGCGAAGATATGGATGGGCTGGCGGAGCCTTCAGTCTATTTTAATGCCGCCAACGGGCCGTGGAGAATTGCTCTGGCCTATTATCAGGAAGGGCCGGTAGATTATAGCGCGGGTAAACGTGGAACGTGGTTTGATCGCCCGGAGCTGGAGGTGCATTATCAGTTCCTCGAAAACGATGATTTCAGTTTCGGCCTGACCGGCGGTTTCCGTAATTATGGTTATCACTACGTTGATGAACCGGGTAAAGACACGGCGAATATGCAGCGCTGGAAAATCGCGCCAGACTGGGATGTGAAACTGACTGACGATTTACG > NC_000913/1381790‑1382389 | gTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCCTGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATAC‑AGGGGGAAGGCATTCCCCCAGGATACTAC‑AAGGAACAATAATGAAAACGTTCTTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGGCATGCGAGCAGGCCGAGGACAGGAACGACTGGCGCTTTAATATCGGCGCGATGTCCGAAATAGAACACGTCGAGTGGTATGGAGAAGATATCGATggg > 2:1177268/1‑298 (MQ=255) 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atggGTTGGCGGAGCCTGCAGTCTATTTTAATGCCGCCAACGGGCCGTGGAGAATTGCTCTGGCGTATTATCAGGAAGGGCCGGTAGATTATAGCGCGGGTAAACGTGGAACGTGGTTTGATCGCCCGGAGCTGGAGGTGCATTATCAGTTCCTCGAAAACGATGAGTTCAGTTGCGGCCTGACCGGCGGTTTCCGTAATTATGGTTATCACTACGTTGATGAACCGGGTAAAGACACGGCGAATATGCAGCGCTGGAAAATCGCGCCAGACTGGGATGTGAAACTGACTGACGATTTACg < 2:645328/301‑1 (MQ=255) | TGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATAC‑AGGGGGAAGGCATTCCCCCAGGATAATAC‑AAGGAACAATAATGAAAAAGTTATTACCCTGTACCGCACTGGTGATGTGTGCGGGAATGGCCTGCGCACAGGCCGAGGAAAGGAACGACTGGCACTTTAATATCGGCGCGATGTACGAAATAGAAAACGTCGAGGGTTATGGCGAAGATATGGATGGGCTGGCGGAGCCTTCAGTCTATTTTAATGCCGCCAACGGGCCGTGGAGAATTGCTCTGGCCTATTATCAGGAAGGGCCGGTAGATTATAGCGCGGGTAAACGTGGAACGTGGTTTGATCGCCCGGAGCTGGAGGTGCATTATCAGTTCCTCGAAAACGATGATTTCAGTTTCGGCCTGACCGGCGGTTTCCGTAATTATGGTTATCACTACGTTGATGAACCGGGTAAAGACACGGCGAATATGCAGCGCTGGAAAATCGCGCCAGACTGGGATGTGAAACTGACTGACGATTTACG > NC_000913/1381790‑1382389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |