| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 630,245 | A→G | 10.9% | I118V (ATC→GTC) | cstA → | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 630,245 | 0 | A→G | 10.9% | 2.6 ‑2.4 ‑0.0 | 142 | I118V (ATC→GTC) | cstA | carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (13/7): ref base (48/66): total (66/76) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.69e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01 | ||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGC‑CAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTA > NC_000913/629947‑630545 | ttttGCTCTGGTATACATTGCGTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGTCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATc < 2:130069/300‑1 (MQ=255) 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cgtgaCCGGCCGGGGATGATCTGGGTTCTCGCTGGGGTGGTGTCCGCCGGTTCGGTGAAGGATTTCATGGTTCTTTTTTTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGC‑CAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGTTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTgcgc < 2:1077068/296‑1 (MQ=255) cTGCCGGGGGTGGTATGGGGTCTCGCGGGGGGTGTTCGCGCGGGTGCGGGGCAGGTTTTGATGGTGCTGTTTGGTTCATCGCGCCGTGACGGTAGCGCGCTGGGTGCAGTGGTCAAAGCAGCGATGGGGC‑CAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCGTGCTTTATGATAATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTg < 1:697324/300‑1 (MQ=255) atCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGC‑CAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGCTGATCGTGTTGAAAGCCCTGACGCATAGCGCGTGGGGCACATCTACCGTTGCGTTCACCATTCCCCTGGGGCCGTTTTGTGGGAGATCCCTGCCCTATCTGCTGCCGGGGCgcg > 1:1105697/1‑299 (MQ=255) | ATTTGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGC‑CAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTA > NC_000913/629947‑630545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |