Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,296,286 | C→T | 13.7% | intergenic (+492/+150) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,296,286 | 0 | C | T | 13.7% | 160.6 / 14.7 | 94 | intergenic (+492/+150) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/36); new base T (8/4); total (50/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATC‑CGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGG > NC_000913/4295988‑4296584 | atacattggaaTGGCCTCATTTAGCGGGATGTTGTATGTCGGAGAAGGCGTTTACGCCGCACCCGACATCAACGCATGATGCGAGGCGTACCGCGTAGTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGACATCAATGc < 2:1317225/292‑1 (MQ=11) gcgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGAAGGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTGACGACGCATC‑CGACCTCAATACCTGag > 2:80012/1‑300 (MQ=255) gcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGTTAAGGCGTTTCCGCCGCATC‑CGACATCAATGCCTGATgg > 2:282581/1‑300 (MQ=21) gCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCCGGCCTACGCCAGCCAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTCTCAGGCCTACGCCAGACATCGCAATAGCCTGATTTAGCGTAATTTTGTAGGTCGGATACGGCGATTACGCCGCATC‑CGACCTCAATGCCCGATGccagg > 2:794038/1‑295 (MQ=11) gCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGCCACCGCAATAGCCGGATTTGGCGTGATTTTGTAGGTGGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCTACGCTTAACGCGTCTTCTCAGGCCTCCGCCTGCCAGCGCAGTAGCATGCTTTATCGTGCTTTTGTAGTTCGGCTCAGGAGTTTCCTCCGCATC‑CGACCTCAATTCATGCTGCGACg > 2:1445937/1‑299 (MQ=11) gCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCCGACAGCGCAATACCCTGATTTAGCGTGATTTTTTAGGTCGGATACGGCGTTTCCGCCGCATC‑CGACATCAATTCCTGCTGCGAct > 2:405987/1‑298 (MQ=255) gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGACCTCAATCCCTGATGCGACCCttgc > 2:1390774/1‑298 (MQ=16) tGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATACGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCACTAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGCCTTAt > 2:840182/1‑301 (MQ=12) aagggacagCGTTTACGCCGCATCCCACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGGGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGAAATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTatct < 2:219498/291‑4 (MQ=11) ttaGGGGTTTCGGCCGCACCCTACAACAAACCCTGGTGCGACCTGGGCCTAGTCTTAGCAGGGCTAGGGCAGACAGCGCAAAAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGTGAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCGGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTatcttaaccg < 1:405980/299‑10 (MQ=11) cGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATC‑CGCCATCAATGCCTGATGCTACCGTTGCCGCGCCTTATCAGCCCTagctcggtcccttta > 1:219494/1‑287 (MQ=11) tggaTCAACGCCTGCTGCGACGCTTTCCGCGTCTTATCAGCCCTACGCCATACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCATACGACAGACAGCGAAATAGCCTGATTTAGCGTGAGTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATC‑CGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCg < 2:433674/298‑1 (MQ=255) ttGTAGGTGCGTTTAGGTGTTTGTGCTCCACACGACAACAACGCCGGGTGCGGGGGTTGCCGCGGCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGAAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATC‑CGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 1:662286/301‑1 (MQ=11) catgATCAGGGGTGTATGCCGCATCCGACAGGAACGCCTGCTGCGAGTCGTGCCGCGTCGTATCACGCCTACGCCAGAAAGCGCAATAGCGTGATTTAGCGTGAATTTGTAGGGCGGATAAGGCGTTTACGCCGCACC‑CGACATCAACGCCTGAGGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGCCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCt < 2:494177/297‑1 (MQ=11) gATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACACCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCCATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGTATAAGGCGTTTATGCCGCAGC‑CGACATCACCGCCTGATTCGACGCTTCACGCTTCTTATCAGGCCTACGCCAGCAATAT‑‑CAATCGCCTGCTTTAGCGTAATTTTGTAGGTCGGATCAGGCGTT‑TC‑AC‑C‑‑CGCATCCGCCCCCCATA‑CCTGATGCTCCCCTTTCCGAGCCTTACCCTGCCTACCTTaca > 1:820625/1‑299 (MQ=11) aagagggctcgacgCCGCATGCCACCTCAATGTCTGACGCCACGCTCGCCGTGTATTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGTCATAGCCTGATTTAGTGTGATTTTGTAGGTCGTATAATGCGTTTATGCCGCCTC‑CGACATCCACGCCTGATGCGCCGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTAAGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc < 2:713033/288‑1 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1:382212/298‑1 (MQ=255) cGACACCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTACCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTCGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGccc < 2:460661/301‑1 (MQ=255) tCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAACACCTTCTTCACCGTTTCAGAACATCATTCCCCCCCCGTaa > 1:1243751/1‑300 (MQ=255) tCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCGCAACAGGGCTACGCCAGAAATCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTG‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTAc < 2:646744/301‑1 (MQ=25) cGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCTGTCTCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTTCAGCTCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAACCCTTCTTCACCGTTTACGaa > 1:1212156/1‑278 (MQ=21) cGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑ACGC‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATAAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTATTGCTTGTTCTTCTCGATAACACATTCTTCACCGTGTAAGAACATCATTCCCGACGCGTACTCgg > 2:998551/1‑301 (MQ=25) | AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATC‑CGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCG‑‑CAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTT‑T‑‑A‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATG‑CCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGG > NC_000913/4295988‑4296584 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |