| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 198,872 | 1 | .→G | 0.9% | 1.0 0.0 ‑0.3 | 215 | coding (945/2433 nt) | bamA | BamABCDE complex OM biogenesis outer membrane pore‑forming assembly factor |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (111/102): total (112/103) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.16e-01 | ||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AACAGAAACTGGCGGGCGACCTTGAAACCCTGCGCAGCTACTATCTGGATCGCGGTTATGCCCGTTTCAACATCGACTCTACCCAGGTCAGTCTGACGCCAGATAAAAAAGGTATTTACGTCACGGTGAACATCACCGAAGGCGATCAGTACAAGCTTTCTGGCGTTGAAGTGAGCGGCAACCTTGCCGGGCACTCCGCTGAAATTGAGCAGCTGACTAAGATCGAGCCGGGTGAGCTGTATAACGGCACCAAAGTGACCAAGATGGAAGATGACATCAAAAAGCTTCTCGGTCGCTATGGTTATGCCTATCCGCGCGTACAGTCGATGCCCGAAATTAACGATGCCGACAAAACCGTTAAATTACGTGTGAACGTTGATGCGGGTAACCGTTTCTACGTGCGTAAGATCCGTTTTGAAGGTAACGATACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGCCCGGACCAGGTTGATGTCGT > NC_000913/198574‑199171 gaaacTGGCGGGCGACCTTGAAACCCTGCGCAGCTACTATCTGGATCGCGGTTATGCCCGTTTCAACATCGACTCTACCCAGGTCAGTCTGACGCCAGATAAAAAAGGTATTTACGTCACGGTGAACATCACCGAAGGCGATCAGTACAAGCTTTCTGGCGTTGCAGTGAGCGGCAACCTTGCCGGGCACTCCGCTGAAATTGAGCAGCCGACTAAGATCGAGCCGGGTGAGCTGTATAACGGCACCAAAGTGACCAAGATGGAAGATGACATCAAACAGCTTCTCGGTCGCTATGGTTAt > 2:21518/1‑301 (MQ=255) 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cGCTATGGTTATGCCTATCCGCGCGTACAGTCGATGCCCGAAATTAACGATGCCGACAAAACCGTTAAATTACGTGTGAACGTTGATGCGGGTAACCGTTTCTACGTGCGTAAGATTCGTTTTGAAGGTAACGATACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCTCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGCCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGCCCTGACCAGGTTgttt > 2:256490/1‑298 (MQ=255) cTATGGTTATGCCTATCCGCGCGTACAGTCGATGCCCGAAATTAACGATGCCGACAAAACCGTTAAATTACGTGTGAACGTTGATGCGGGTAACCGTTTCTACGTGCGTAAGATCCGTTTTGAAGGTAACGATACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTg > 2:553234/1‑190 (MQ=255) cTATGGTTATGCCTATCCGCGCGTACAGTCGATGCCCGAAATTAACGATGCCGACAAAACCGTTAAATTACGTGTGAACGTTGATGCGGGTAACCGTTTCTACGTGCGTAAGATCCGTTTTGAAGGTAACGATACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTg < 1:553225/190‑1 (MQ=255) AACAGAAACTGGCGGGCGACCTTGAAACCCTGCGCAGCTACTATCTGGATCGCGGTTATGCCCGTTTCAACATCGACTCTACCCAGGTCAGTCTGACGCCAGATAAAAAAGGTATTTACGTCACGGTGAACATCACCGAAGGCGATCAGTACAAGCTTTCTGGCGTTGAAGTGAGCGGCAACCTTGCCGGGCACTCCGCTGAAATTGAGCAGCTGACTAAGATCGAGCCGGGTGAGCTGTATAACGGCACCAAAGTGACCAAGATGGAAGATGACATCAAAAAGCTTCTCGGTCGCTATGGTTATGCCTATCCGCGCGTACAGTCGATGCCCGAAATTAACGATGCCGACAAAACCGTTAAATTACGTGTGAACGTTGATGCGGGTAACCGTTTCTACGTGCGTAAGATCCGTTTTGAAGGTAACGATACCTCGAAAGATGCCGTCCTGCGTCGCGAAATGCGTCAGATGGAAGGTGCATGGCTGGGGAGCGATCTGGTCGATCAGGGTAAGGAGCGTCTGAATCGTCTGGGCTTCTTTGAAACTGTCGATACCGATACCCAACGTGTTCCGGGTAGCCCGGACCAGGTTGATGTCGT > NC_000913/198574‑199171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |