Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,437,754 | 1 | .→T | 0.9% | 0.9 0.0 ‑0.0 | 217 | coding (48/939 nt) | ytfI | uncharacterized protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (113/102): total (114/103) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
ATCCGGGGTTCAGAGTGTCTATTTACTAAATTCAGATGGCAGAAACAGTGTATTTCCTGATTCTGCCATCCTGATTTCTCCCAACCTAAAAAGTTATAAATAAAAAGAGATTGTATTTAAAGTGCAAAAATTCAATTGCTAATAAGTTACATTTTAATAATGAGCGTTTTTTGATAGTTTACTTCTATAGTGAGATATTTAATGGCGACATAAAGTAACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTA‑TTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCTTAAAGATAACGGTGCCGAATATACAATGACATTGCGAGGTAGTGGATTTGAATACGAAGAAATACCCATAACAAT > NC_000913/4437467‑4438050 | aTCCGGGGTTCAGAGTGTCTATTTACTAAATTCAGATGGCAGAAACCGTGTATTTCCTGATTCTGCCATCCTGATTTCTCCCAACCTAAAAAGTTATAAATAAAAAGAGATTGTATTTAAAGTGCAAAAATTCAATTGCTAATAAGTTACATTTTAATAATGAGCGTTTTTTGATAGTTTACTTCTATAGTGAGATATTTAATTGCGACATAAAGTAACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTTCGGTGGAGTTA‑TTTGTAAAGTCtt > 1:1402528/1‑301 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |