Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,696,339 | 2 | .→A | 0.9% | 1.2 0.0 ‑0.3 | 220 | intergenic (‑154/‑119) | yhjR/bcsE | DUF2629 family protein/cellulose production protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (106/112): total (107/113) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.71e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CCGCGGCCAACTGTTCGCGTTGGGAAATATCGGCATAATCAATATCAGGCAGTGAAAATGCCTGCTTTAACGCCACAATATCATTCTGGAAGATATAGCCTATCGCGGGATCAGGCAGAGTATCTGGTTCATTGTTATTCATTTTGCTTGATCCCTATGAAATAACCGTACCGTTCATGAGACAATTCTAACCGTGAGCATTTCGCCGGTTTATTGTTTACGGCGAGACGGGAATTTGCTCACTTTTTGACTTTCCGTTACGCAACAGAAAAAGTTAAAAACGAAAAGACTAAAATCACACG‑TCTTGTGACCTTCTAAATTGATTCACATGCTAAATCTGATAAGTTTTAATTTCAATGGTAGGTTTATTTCTTAGCTTTCGCTAGTAAACTGATAATCAGACAAAATGGTGACATGAGGGACATTGTGGACCCTGTATTCTCTATCGGTATCTCATCATTATGGGATGAGCTGCGACATATGCCAGCAGGCGGCGTCTGGTGGTTTAACGTCGATCGCCATGAAGATGCTATCAGTCTGGCGAATCAAACAATTGCATCCCAGGCTGAAACCGCACACGTCGCGGTCATTAGCAT > NC_000913/3696044‑3696639 ccGCGGGCAACTGTTAGATTTGTGAAATTTCGACATAATCAATATCAGGCAGTGAAAATGCCTGCTTTAACGCGAAAATATCATGCTGTAAGATATAGCCTATCGCGGGATCAGGCAGAGTATCTGGTTCATTGTTATTCATTTTGCTTGATCCCTATGAAATAACCTTACCGTTCATGAGACAATTCTAACAGTGAGCATTTCGCCGGTTTATTGTTTACGGCGAGACGGGAATTTGCTCACTTTTTGACTTTCCGTTACGCAACAGAAAAAGTTAAAAACGAAAAGACTAAAATCacac < 1:1439022/301‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |