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| ? | NC_000913 | 258684 = | 0 (0.000) | pseudogene (9/331 nt) | crl | pseudogene, sigma factor‑binding protein, RNA polymerase holoenzyme formation stimulator;regulator; Surface structures; transcriptional regulator of cryptic csgA gene for curli surface fibers | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
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cgcactaggcacgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTATGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGGATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGAAg < 1:954333‑M2/272‑1 (MQ=255) ctaggcccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGCGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCCCACCCTGCGTGAGTTTCCCGAGAAGCTGGGTGACCTGCTGCGGACGCtgcatctggcagtgg > 1:368512‑M2/26‑294 (MQ=255) ggcccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGCGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGATGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCGGAAGCTGGAAc > 2:1038294‑M2/23‑301 (MQ=255) ccgtatattcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGCGTTTCCAGAGAAGCTGCGTGAAATGCTGACGACGCTGaaactgaagcggtagacgg > 1:1007037‑M2/20‑292 (MQ=255) cgtgtgttcgtagatgtaAGTGCAAAATTAATCTATTCATTTTAGATTGGTGGGCTGTATGGTTAAACGTGAAATCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTTGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGGTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGAAGCTGGAACcggc < 2:421659‑M2/283‑1 (MQ=255) ttcgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGACTTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGACGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAATGACGGGAGCAAAACCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAATTGATGCAGAACCTGAAGATGAAGCTGGAACGTGCggatgg > 1:903055‑M2/13‑300 (MQ=255) cgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGCGTTTCACGCGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGACGCTGGAACCGGCGGATGAtt > 2:426260‑M2/11‑301 (MQ=255) cgtgaaggtaAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGGGAACTGCTGACGACGCTGAATCGGAAGCTGGAACCGGCGGATGAtt > 1:971028‑M2/11‑301 (MQ=255) aaggtaAGTGCAAAGATAATCGCTTCTTTTTCGATTGTGTCGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGGATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGAAGCTGGAACCGGCGGATGATTTTCg < 2:182339‑M2/295‑1 (MQ=255) | GTTGAGGCCAACGCCCATAATGCGGGCTGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCTGAAGGTAAGTGCAAAGATAATCGATTCTTTTTCGATTGTCTGGCTGTATGCGTCAACGTGAAACCGG‑CACCGGAAGTGCGTGAATTCTGGGGCTGGTGGATGGAGCTGGAAGCGCAGGAATCCCGTTTTACCTACAGTTACCAGTTTGGTCTGTTCGATAAAGCAGGCGACTGGAAGAGTGTTCCGGTAAAAGACACTG‑AAGTGGTTGAACGACTGGAGCACACCCTGCGTGAGTTTCACGAGAAGCTGCGTGAACTGCTGACGACGCTGAATCTGAAGCTGGAACCGGCGGATGATTTTCG > NC_000913/258387‑258978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |