| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,352,926 | C→A | 16.1% | G235C (GGT→TGT) | sapD ← | antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,352,926 | 0 | C→A | 16.1% | 31.1 ‑0.5 ‑0.2 | 115 | G235C (GGT→TGT) | sapD | antimicrobial peptide ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/10): ref base (53/43): total (62/53) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.18e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.36e-01 | ||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCTCACTCTTTCTCCATGTTCAGCGGGAAATGACAGGCATAGAGA‑TGATTTTTCGCCCCCGTCAAACGTGGCGTCACAATGCATTCTCGTTGTGCATACGGGCAACGTGGCCCCAGACGACAACCAATCGGTAACTGTTCCAGCAGTGGGATAGCGCCGGGCAGCGTATTGAGGCGACTTTTATGCGGCATCGCGCTGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGACATTCACCTTCGGTCAACTCATAGGGAAAACTGCGCATCGCATCTTTGTGATCTTTAATCCCCACGCGGTGCAGCAGTTCAATGGCAC > NC_000913/1352634‑1353225 | tctcACTCTTTCTCCATGTTCAGCGGGAAATGACAGGCATAGAGA‑TGATTTTTCGCCCCCGTCAAACGTGGCGTCACAATGCATTCTCGTTGTGCATACGGGCAACGTGGCCCCAGACGACAACCAATCGGTAACTGTTCCAGCAGTGGGATAGCGCCGGGCAGCGTATTGAGGCGACTTTTATGCGGCATCGCGCTGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACGAACTCCTTACTCGGCGCGGGTTCCACTGTTGGACCGCAGTaaa > 1:560777/1‑301 (MQ=255) 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gACCGCATTAAAGTGCGTGAAGTGTAGACGACCATGGGCTAAGCATTTGTAAGGCATGGCTGATAAGCAAAATAGGGGTATTGCTGTTGTGGGGGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGACATTCACCTTCGGTCAACTCATAGGGAAAACTGCGCATCGCATCTTTGTGATCTTTAATCCCCACGCGGTGCAGCAGTTCAATgg < 1:418884/300‑1 (MQ=255) ccGCATGAAAGTACTGTAATTTTAGCCGGCCATCGGCTAAGCATTTGTAAGTCAGGGCGTCTAAGCAAACTATCTGTATTGCTGTGTTGTTTGAGTCGCGTCAGCAGGCGAAAGAGTCGCGCCGGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGGTCGTCATCAACCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGACATTCACCTTCGGTCAACTCATAGGGAAAACTGCGCATCGCATCTTTGTGATCTTTAATCCCCACGCGGTGCAGCAGTTCAATGGCAc < 1:1116130/301‑1 (MQ=255) | TCTCACTCTTTCTCCATGTTCAGCGGGAAATGACAGGCATAGAGA‑TGATTTTTCGCCCCCGTCAAACGTGGCGTCACAATGCATTCTCGTTGTGCATACGGGCAACGTGGCCCCAGACGACAACCAATCGGTAACTGTTCCAGCAGTGGGATAGCGCCGGGCAGCGTATTGAGGCGACTTTTATGCGGCATCGCGCTGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGCGTCAGCAGGCGAAAGATTTGCGCCTGGGTTGTTGGCTCCATTGAGTTGGTCGGTTCGTCAGCAATCAGCAGACGCGGTTGATTCGCCAGTGCAATGGCTATCATCACTTTCTGACATTCACCTTCGGTCAACTCATAGGGAAAACTGCGCATCGCATCTTTGTGATCTTTAATCCCCACGCGGTGCAGCAGTTCAATGGCAC > NC_000913/1352634‑1353225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |