| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,753,712 | A→T | 7.2% | I40N (ATT→AAT) | ydhV ← | putative oxidoreductase subunit |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,753,712 | 0 | A→T | 7.2% | 11.6 ‑0.3 ‑0.0 | 110 | I40N (ATT→AAT) | ydhV | putative oxidoreductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/4): ref base (43/59): total (47/63) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 7.22e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.94e-01 | ||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCTACAGCCAATAC > NC_000913/1753413‑1754011 | cccATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAAt < 2:518176/301‑1 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aaTTTTTTAGCCGAAGCCCCTGCCACCCACAAAACTTTTAAACTTACTGGGATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCTTGATATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGTCATGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGTATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACTTTCATGCCGTAGTACAGGCGCTACAGCCAATAc < 2:694688/301‑1 (MQ=255) aaTTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCTACAGCCAATAc < 2:702118/301‑1 (MQ=255) | CCCATAAGAAATCGGCTTTTTCCAGGCTAACTTTGTCATCTTTAATCTTCAGCCATACCGGTGATTTCGCCTTCCCTTCGATAATAATGACGTCGTATCCAGCGAATTTCATTTGCGCTGCAAAAAAGCCACCCATATGGGCATCGACGACTAAATTTCCTTTGGTAAAAGTAGAAAGTGAGGTGATATTTACGCGAGAACTACAGGGGGCACCAGATCCAGTTAATGGGCCGGTAGCAAAGACTAATTTATTCGCTTCATCGAAAGGTTTCGTGCCTGGCGGTACTTCGTCATACATAATTTTGTAGCCGAAGCCCATGCCACCGACAAAACTTTTAAACTTACTGGAATCTTCGAGGGTAATATTTCCTGTCGTGAGATTGACTCTTAATATATTACCTGTCCAACCGTTAGCCATGATTTTTTCCTTTGCAAGATTCACACAGTAATATCTTTCCACTCGATAATTTTTAACGCCCCTGTTGGGCAGGCGTTTGCGCATTCACCGCATAACACACATTTCGAGGATTTTTTACTTTCGGTATTTACGGTGGCCATCATCCACGGGCATGCCGTAGTACAGGCGCTACAGCCAATAC > NC_000913/1753413‑1754011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |