| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,096,644 | A→T | 7.1% | M268L (ATG→TTG) | ycdU → | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,096,644 | 0 | A→T | 7.1% | 2.8 ‑3.6 0.0 | 104 | M268L (ATG→TTG) | ycdU | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/2): ref base (33/60): total (42/62) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.65e-02 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCAGGAAATCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCT > NC_000913/1096346‑1096934 | ttCGGGGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCGGCTTCCGATCAGCCCGTTGCTTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCATGGGTTAACGTTTAAAGCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTGTTTTGCAGGAAATCGATCTGTTGTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGAtg < 2:677397/301‑1 (MQ=255) 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TTCGGTGTGCATCTCAACGGTTGTTAACCTGCTTACTATCAGCCCGTTGCGTAACAGTGATTCTTTTGTGACAGAGGGGCAGTGGTTAACGTTTAAATCGATAATTGCATTGCTCATTCTTTGTGGCGTAGTGTTGGCGATTAATCTGTTTTTTCTGCGCTTCTCCAAGCGGTACGCTTTTCTGGGCAGGCTTTTTTTGCAGGAAATCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCT > NC_000913/1096346‑1096934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |