| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 607,884 | G→A | 100% | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 ← | deoxynucleoside kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 607,884 | 0 | G | A | 99.7% | 286.6 / ‑6.6 | 93 | R209* (CGA→TGA) | USA300HOU_0550 | deoxynucleoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (38/54); minor base C (1/0); total (39/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTT > CP000730/607746‑608013 | gtcgatGGGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATTGATAATTTCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAg < 2:377755/137‑1 (MQ=255) tataTGTGAATTAAGGTATTCGATAGAATTGTTAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGc < 2:228068/141‑1 (MQ=255) atggtaaTTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATGATATCTATGGTATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt < 2:89751/136‑1 (MQ=255) atGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAAt > 1:477803/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:400259/1‑141 (MQ=255) tGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCa > 1:604543/1‑141 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTCTCGTGTATCTACTTTTCGATATGTTTGAATAATTCCAGCATTTTTGTTTATCAt > 1:362061/1‑141 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt > 2:467091/1‑141 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt > 1:347469/1‑141 (MQ=255) gTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTCTTATCGTGCATTTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCAt < 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(MQ=255) aGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTaa > 1:811039/1‑141 (MQ=255) aTTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGa > 1:801507/1‑141 (MQ=255) gATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTc > 1:651498/1‑141 (MQ=255) tAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCgg > 2:359379/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAATCGATACTATCTCTTGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCgg < 1:924/140‑1 (MQ=255) aataatCCAGAATAGCGATGCAAAATACATCGTATATAAACATATTCGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCCTGTATCTACCTGTCGACATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAATATTCGGGGt < 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1:483054/141‑1 (MQ=255) cTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTATATCATAGGATTTAAAGTTTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAAATGGACATGCATTAAAGCTTTTCATCCAATCGTCATAGc < 1:483171/141‑1 (MQ=255) cTTGGCGATATGTTTGAAGAATTCAATGAATTTTTTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTCGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGc < 2:675647/141‑1 (MQ=255) cTTCTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGAGATCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGAACATCCATACAAGCTCTTAACCCAAACGTCATacc > 2:16682/1‑139 (MQ=255) cgcaatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTGCAAGGTTCGGTGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTTGTACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCATTCGTCATTGCGGTTa < 2:362061/137‑1 (MQ=255) cGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTa < 1:467091/141‑1 (MQ=255) tatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:764517/141‑1 (MQ=255) tatGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAAt < 1:359379/141‑1 (MQ=255) atGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATa < 2:94828/141‑1 (MQ=255) ttGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCtt < 1:439048/141‑1 (MQ=255) | GTATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTT > CP000730/607746‑608013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |