| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 100% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 100.0% | 268.4 / ‑6.5 | 87 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (56/30); minor base C (1/0); total (57/30) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACG > CP000730/195152‑195415 | tttCTAGTTAAACTTGCCACGCCAGATTCTTCTTCCATAATGATAGCCCCCTTTATATACGTTTCTTTCCTTATACCCTAACCTCATTATTATTCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaaaa < 2:361055/140‑1 (MQ=255) tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt > 2:239067/1‑140 (MQ=255) tAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:417051/140‑1 (MQ=255) tcTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATca > 2:445419/2‑139 (MQ=255) gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCATAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAAATTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:355519/1‑140 (MQ=255) tCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt > 2:122689/1‑140 (MQ=255) cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATTTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 1:338269/1‑140 (MQ=255) cTTTATCCATAATGATAGCCAAACTCGTATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa > 1:181544/1‑140 (MQ=255) tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTTTACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTAAAGACTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCAATaa > 2:64637/1‑140 (MQ=255) tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 1:655862/1‑140 (MQ=255) tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATaa > 2:291277/1‑140 (MQ=255) ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTTCAGAATTTTATTTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATACTTGTAAttcattaaaaaat > 2:552468/1‑128 (MQ=255) cATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 2:241892/1‑140 (MQ=255) cATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 1:590530/1‑140 (MQ=255) aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:9773/1‑140 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt > 2:88357/1‑140 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAAAATTATAGTAATAtt > 1:102103/1‑140 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATAtt > 1:5316/1‑140 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 1:719840/1‑140 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAATATAGTAATAtttt > 1:164014/1‑140 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTATATACTCTTGGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 2:124405/1‑140 (MQ=255) cccTATATCTATGTATATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:368620/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta > 1:7801/1‑140 (MQ=255) tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 2:622223/1‑140 (MQ=255) ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGTTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCATCCATTGTTGTAGGGGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 2:577442/1‑140 (MQ=255) ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTATTAAATCATTATTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 1:206993/1‑140 (MQ=255) tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCAAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttttt < 2:714273/140‑1 (MQ=255) taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTCAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCTGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATTACATTATTTttat > 2:215347/1‑140 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(MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg > 2:256440/1‑140 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAAGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg > 1:9657/1‑140 (MQ=255) cataaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:197145/137‑1 (MQ=255) cAGAATTTTATCTTAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:739259/140‑1 (MQ=255) cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 2:48170/140‑1 (MQ=255) cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:114445/140‑1 (MQ=255) aaGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATTCTTGTAATTCGATAATAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGACTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:25545/139‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 2:704442/140‑1 (MQ=255) ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa > 1:273461/1‑140 (MQ=255) aTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGGTAAGAATTTTAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAAAATCTTGATTTTGCATCAAc > 1:401235/1‑140 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 2:719840/140‑1 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 1:124405/140‑1 (MQ=255) | TTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACG > CP000730/195152‑195415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |