| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 3,790 | G→A | 100% | A32T (GCA→ACA) | USA300HOU_0003 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 3,790 | 0 | G | A | 93.3% | 178.9 / 4.1 | 60 | A32T (GCA→ACA) | USA300HOU_0003 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base A (31/25); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATAATATATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAGCAAAATGGTTCTTGCAAGACGTTGAAGTATTAATTAATGGAGTGCGTGAAACACGTCGCGGTAAAAAGTTAGAACATCAAGATCGTATAGATATCCCAGAATTACCTGAAGATGCTGGTTCTTTCTTAATCAT > CP000730/3665‑3923 | tataATATATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAACAAAATGGTTCTTg < 2:148361/140‑1 (MQ=255) aataTATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAACAAAATGGTTCTTGCaa < 2:211449/140‑1 (MQ=255) aataTATTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAACAAAATGGTTCTTGCaa < 1:74757/140‑1 (MQ=255) atatatTAATGACATACAAAGAAATGGAGTGATTATTTTGGTTCAAGAAGTTGTAGTAGAAGGAGACATTAATTTAGGTCAATTTCTAAAAACAGAAGGGATTATTGAATCTGGTGGTCAAACAAAATGGTTCTTGCAAg < 1:115374/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |