Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,162,009 | C→A | 7.6% | Q428K (CAA→AAA) | mutS2 → | possible DNA mismatch repair protein MutS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,162,009 | 0 | C | A | 7.6% | 167.6 / 2.1 | 60 | Q428K (CAA→AAA) | mutS2 | possible DNA mismatch repair protein MutS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/27); new base A (2/3); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
ACCGCAAGCAAATTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGATATTGAGTT > CP000730/2161874‑2162148 | aCCGCAAGCAAATTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCaaaaa < 2:561068/141‑1 (MQ=255) ccGCAAGCAAATTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGGTAATAaaaaaa > 2:239528/1‑141 (MQ=255) aagcaaATTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGTCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAAtata < 1:592777/141‑1 (MQ=255) atcaaATGTTTATATCAACCTGGAAATATATACACATCAATGGCTAATGTAGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTAAAAAAAAAAAAAAAATATAc < 2:385478/139‑1 (MQ=255) agcaaAGTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATAc < 2:278301/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGGATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGc < 2:189607/141‑1 (MQ=255) atatCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGa < 2:90588/141‑1 (MQ=255) cAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGaa < 1:299499/141‑1 (MQ=255) aaCCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGaaa < 1:448560/141‑1 (MQ=255) cTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATGAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAAGATACTGCTTTATAGATGAAAttt > 2:239084/1‑141 (MQ=255) ggAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGaaaatggg > 2:580028/1‑136 (MQ=255) ggAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAAttttt > 2:165909/1‑141 (MQ=255) ggAATTGTGTTCACGTCAATAGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAAttttt > 1:371417/1‑141 (MQ=255) aaTTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGGGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGAAGAAATTTTTaa > 2:24459/1‑141 (MQ=255) tgttTTCACGTCGATGGGAATTGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAgg < 2:149692/141‑1 (MQ=255) gtTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGCTAGGTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTAc > 1:118359/1‑141 (MQ=255) gtTCACGTCAATGGAAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTAc < 1:363800/141‑1 (MQ=255) cACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGACTTCACGCCTCGATAAATGATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTAGCaa > 1:288782/1‑141 (MQ=255) aCGCCAATGCCAAATGGCAAAGATGTGTAAGAAGGCGATAATAACTTTATACATAAATTAAAATCAAGTAAGCCTTTTTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAac < 2:207283/141‑1 (MQ=255) aTGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCAAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACACCt > 2:600240/1‑141 (MQ=255) ggaaaaaGCCGAAGATGAGTAAAAAAGCGATAGTTAATTTAAGGCTAAATTAAAATATATTAAGCGTATTGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGa < 2:412560/138‑1 (MQ=255) cAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAAc < 1:154195/141‑1 (MQ=255) aaaTGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAACTATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACg > 1:35350/1‑141 (MQ=255) aaaTGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAAGACAACTAAACg > 2:150199/1‑141 (MQ=255) aaaTGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATAAAAAAATAGACTTCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACCACTGAACg > 1:15855/1‑141 (MQ=255) tGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAAt > 1:445385/1‑141 (MQ=255) gCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTAAATGAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAAtt > 2:401497/1‑141 (MQ=255) ccGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTTTAGATGAGATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTg > 2:165822/1‑141 (MQ=255) ccGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACCAAtag > 1:286674/1‑139 (MQ=255) atgatgTGTTATCAGGCGATAGGTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCg > 2:5277/1‑141 (MQ=255) agcatgTGTTATCAGGCCATAGTTATTTCAGGGCGGTATTAAATTCTACTAAGCGTAGTGTTGATACCACCGGTTGTCACACCATAGGCTGCTGTATAGATTAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCg < 1:143240/138‑1 (MQ=255) tgatgTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGc < 1:550093/141‑1 (MQ=255) ggatgTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGc < 1:81588/140‑1 (MQ=255) gttggtttATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCt < 2:300739/135‑1 (MQ=255) tgtgTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTc < 1:331841/141‑1 (MQ=255) aGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGt < 1:35127/141‑1 (MQ=255) cGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAAAAGAACTGAACGAATTGCCGCTTAAGAATCAGTACt > 2:342838/1‑141 (MQ=255) tAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATc > 1:15592/1‑141 (MQ=255) aGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCa < 1:279905/141‑1 (MQ=255) tGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGGTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGATGCAGAATCGGTACTATCATTTTTACAta > 2:230484/1‑140 (MQ=255) aTCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACtt > 1:544465/1‑141 (MQ=255) cTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTa < 2:579032/141‑1 (MQ=255) aTTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTaga > 1:7983/1‑141 (MQ=255) aTTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTaga < 1:529058/141‑1 (MQ=255) gCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGACAAATCTAACTTTAGAGatat > 1:56886/1‑141 (MQ=255) gCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTAt < 1:210513/141‑1 (MQ=255) cGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTAtt > 2:329931/1‑141 (MQ=255) tATTGTTGAAATTCCAGCTAATCAAAAAATATACTGCTTTCTAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTgc > 1:267094/1‑141 (MQ=255) gttgAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATAATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAAAGATATTgcagca > 2:169026/1‑141 (MQ=255) tgAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAac > 2:49081/1‑141 (MQ=255) ttCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATg < 1:329931/141‑1 (MQ=255) ttCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATg > 1:190343/1‑141 (MQ=255) tcAGATAATCAAAAAATATAATGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAAATTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGat < 1:464536/140‑1 (MQ=255) ccAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGat < 2:104079/141‑1 (MQ=255) aGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACACCTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGatat > 1:20807/1‑141 (MQ=255) aGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGatat < 1:165909/141‑1 (MQ=255) aGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGatat < 1:580028/141‑1 (MQ=255) aTAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTACCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGATATTg > 1:86460/1‑141 (MQ=255) aaTCAAAAAATATACTGCTGTATAGATAAAAGTTTTAAAGGTACATACACAACGTAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGATATTGAg < 1:289188/141‑1 (MQ=255) tCAAAAAATATACTGCTTTAGAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCACCACATGATATTGAGtt < 1:363505/141‑1 (MQ=255) | ACCGCAAGCAAATTTGTATATCAACCTGGAATTGTGTTCACGTCAATGGCAAATGCCGATGATGTGTTATCAGGCGATAGTTATTTTATGGCTGAATTAAAATCTATTAAGCGTATTGTTGAAATTCCAGATAATCAAAAAATATACTGCTTTATAGATGAAATTTTTAAAGGTACCAACACAACTGAACGAATTGCCGCTTCAGAATCAGTACTATCATTTTTACATGAAAAATCTAACTTTAGAGTTATTGCAGCAACACATGATATTGAGTT > CP000730/2161874‑2162148 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |