| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 554,989 | T→C | 8.2% | intergenic (+1956/‑1103) | folB → / → rrf2 | dihydroneopterin aldolase/5S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 554,989 | 0 | T | C | 8.2% | 151.5 / 4.9 | 59 | intergenic (+1956/‑1103) | folB/rrf2 | dihydroneopterin aldolase/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/31); new base C (3/2); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
TGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATG > CP000730/554854‑555122 | tGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGAc < 1:170776/141‑1 (MQ=255)tGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATCGCGAGAAATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGAGCGATTTAGAATCTGCTTGGAc < 1:291849/141‑1 (MQ=255) gAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACt > 1:171214/1‑141 (MQ=255) aTTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACCCg > 1:56760/1‑141 (MQ=255) atatGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGttt < 1:489341/141‑1 (MQ=255) gAAGCATATGCAGATTATCATGACAATATGGATTAAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATGCAATGGGGTAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCat < 2:355141/141‑1 (MQ=255) aaGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCata < 1:580347/141‑1 (MQ=255) aaGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCata < 1:565797/141‑1 (MQ=255) aaGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCaca > 2:149716/1‑139 (MQ=255) atatGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATAttgt < 1:63516/141‑1 (MQ=255) tGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGa < 2:21423/141‑1 (MQ=255) cAGATTCGCATGTCATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATg < 2:62796/141‑1 (MQ=255) agcttATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGc < 1:240923/138‑1 (MQ=255) aTTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTg < 1:572534/141‑1 (MQ=255) tCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTaaa > 1:162688/1‑141 (MQ=255) cATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTaaaa < 1:479709/141‑1 (MQ=255) cATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTaaaa > 2:201220/1‑141 (MQ=255) aTGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAaag < 1:432171/141‑1 (MQ=255) aCATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTCAaagaag > 2:348629/1‑141 (MQ=255) tAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCGTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGGTGTAAAAGCAGCTACTGGTATAg > 2:78940/1‑141 (MQ=255) gggaggcgaTGGTGAGACATATTGGCAAGGAAGTGTTAGGTGCTGCAAAAGGACAATCCGATGGGGAAGCGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGAtt < 2:594152/133‑1 (MQ=255) cAGAATCAATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGAtt < 2:396288/141‑1 (MQ=255) aTCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGCTGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTa > 2:572170/1‑141 (MQ=255) aTCCATGGTGAGACACATTGCCAATGAAGGTTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATTGCACGCTCAAACCGTCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTa < 1:140917/141‑1 (MQ=255) tATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGa < 1:609396/141‑1 (MQ=255) tATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCCTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGa > 1:102391/1‑141 (MQ=255) tATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGGTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCCTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGa > 1:25946/1‑141 (MQ=255) tGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTa < 2:557721/141‑1 (MQ=255) atTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAAAGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTGGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGtgat < 1:83023/141‑1 (MQ=255) cAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATgaaga > 2:438727/1‑141 (MQ=255) tGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGc > 1:232793/1‑141 (MQ=255) gAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTGCAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATAGTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCt < 2:472617/141‑1 (MQ=255) gAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGGTGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCt < 1:235597/141‑1 (MQ=255) gAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAATGATGAAGAAGCt > 2:138355/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTa < 2:595762/141‑1 (MQ=255) aaGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTa > 1:356531/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTa < 1:434168/141‑1 (MQ=255) aGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTaa > 2:50307/1‑141 (MQ=255) ggTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTa > 1:479526/1‑141 (MQ=255) ggTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTa > 1:514137/1‑141 (MQ=255) gTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAg > 1:249825/1‑141 (MQ=255) ttCTGCAAAAGTACAATACAGTGGGGAAACGATCTATGTAGAATCTGTTTGGACTCGTTTGCTTATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGTTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGc < 1:405680/141‑1 (MQ=255) tCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACTATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGATGCTAATGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCt < 2:226779/141‑1 (MQ=255) gCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAGGCTCAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTCGCTaaa > 2:363670/1‑141 (MQ=255) tacaatacaaTGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATg < 1:201220/141‑1 (MQ=255) tacaatacaaTGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGCTTGCATATTGATGTTGATGTAAAAGAAGCTTTCGGTTTTGTTTTTTTTGGTTTTAGTAGTGATGAAAAATCAAAATCTTTAGCTAAAGAACaag > 2:143850/1‑139 (MQ=255) gacaatacaagGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATg < 2:453462/140‑1 (MQ=255) atacaatGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTAt < 1:573814/141‑1 (MQ=255) ggggAAACGATCGATTTAGAATCTGCCTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGACAtt > 2:366236/1‑141 (MQ=255) gggAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTa > 1:121725/1‑141 (MQ=255) ggAAACGATCGATTTAGAATCTGCCTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTaa < 2:25946/141‑1 (MQ=255) ggAAACGATCGATTTAGAATCGGCCTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTaa < 2:102391/141‑1 (MQ=255) aaCGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGa > 1:152235/1‑141 (MQ=255) aaCGATCGATTTAGAACCTGCTTGGACTCGTTTGCATAATGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAGAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGCAATTAAAgg > 1:342021/1‑140 (MQ=255) ttctatTTAGACTCTGTTTGGACTCGTTTGCATGTTGTTGATGCTGTAAAATATGTTACTGTGGTATATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATTAAGAACCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACa < 2:336164/137‑1 (MQ=255) tcgatTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTGAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACaa > 1:599166/1‑141 (MQ=255) atTTAGAATCTGCTTGGGCTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGa < 2:56760/141‑1 (MQ=255) atTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGa > 2:174554/1‑141 (MQ=255) aaTCTGCTTGGAATGATTTGCATTGTTGTGATGTGGCAAAAGAAGATACTGGTGTAGATTTTTAGGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGTTAAAGCTTTAGCTAAAGAACCTGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAatatt < 2:337845/141‑2 (MQ=255) | TGAATTATATGAAGCATATGCAGATTATCATGACATTATGGATTTAACAGAATCTATGGTGAGACATATTGCCAATGAAGTGTTAGGTTCTGCAAAAGTACAATACAATGGGGAAACGATCGATTTAGAATCTGCTTGGACTCGTTTGCATATTGTTGATGCTGTAAAAGAAGCTACTGGTGTAGATTTTTATGAAGTTAAAAGTGATGAAGAAGCTAAAGCTTTAGCTAAAGAACATGGTATTGAAATTAAAGATACAATGAAATATG > CP000730/554854‑555122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |