| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 478,502 | C→A | 85.0% | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 → | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 85.0% | 126.1 / 14.8 | 68 | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/5); new base A (26/31); total (32/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
AGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTG > CP000730/478364‑478633 | aGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTCAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATCCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGc > 2:460820/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt > 1:246446/1‑141 (MQ=255) ttCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCtt < 1:280789/141‑1 (MQ=255) ttCAATGAGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCAAAAGGAGCtt > 1:73663/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTAt < 2:11377/140‑1 (MQ=255) aCGGTTTTTCTAACATAACATTATTTTTACCATCGGGAACGAATGTGGCGCCATTTCATGTTCCAAAACAAGCATCTGCTAATGAAGCTTATGGCGGGGTAGTCGTTGTACGTGTATTAGCTATTTTCGGGGCAGTTCTAt < 2:215065/141‑1 (MQ=255) aaGCAACATTATTTTTAGAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAAGATTCAAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagta < 1:218484/141‑1 (MQ=255) tattTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGaa > 1:207025/1‑141 (MQ=255) tttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTTCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGt > 1:574726/1‑141 (MQ=255) tttttACAAGCAGGCTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGt < 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(MQ=255) tCTATCGTGAAACGATTCAATATTCCAAAACAAGAATCTGCTAAGGCAGCATATGGCTGGTTTGTAATGGGACGTGTATTAGCTATTCTCGTGGCAATTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGCGTTa > 2:153502/1‑141 (MQ=255) cTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTaa > 1:17592/1‑141 (MQ=255) cTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGGGCATATGAAGTGTTaa > 1:261482/1‑141 (MQ=255) tATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGGGTATTAGCTATTATCGTGGCGTTTCTATTTTGGCGGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGACGTGTTAAg > 1:153749/1‑141 (MQ=255) tCGGGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGGCAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTg < 2:380032/141‑1 (MQ=255) cGATTCAATATTCCAGAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGTCGTGTATTAGCTATTATCGTGGCAGTTATATTGTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAtt > 1:451514/1‑141 (MQ=255) gATTCAATATTCCAAAACCCGCGCCACCGAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTc > 2:588117/1‑141 (MQ=255) gtttagtcttCCAGACCAAGCAGCGGCTAAAGGAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTAGTATCGTGGCATTGCTATTTTGGATTAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCt < 2:385398/133‑1 (MQ=255) ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGCCAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGGACTCATTCTa > 1:33012/1‑141 (MQ=255) atactgcAAAACAAGGATCTGCGAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGGATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGAt < 2:265573/135‑1 (MQ=255) cAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCAt > 1:239402/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATTAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 1:51079/141‑1 (MQ=255) aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg > 1:257842/1‑141 (MQ=255) gCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTAGTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGGGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTa < 2:427127/141‑1 (MQ=255) cATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACgtgtgt > 1:151216/1‑139 (MQ=255) aTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATc < 2:59593/141‑1 (MQ=255) tCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCt > 2:105929/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTg > 2:242792/1‑141 (MQ=255) | AGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTG > CP000730/478364‑478633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |