Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,680,214 T→C 6.8% intergenic (+266/+266) USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 possible secretory antigen/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,680,2140TC 6.8% 158.1 / 3.0 59intergenic (+266/+266)USA300HOU_2536/USA300HOU_2537possible secretory antigen/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (28/27);  new base C (2/2);  total (30/29)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.50e-01

CAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCTACTAAGTTTGAAATA  >  CP000730/2680075‑2680352
                                                                                                                                             |                                                                                                                                          
cAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATGTAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGttatta                                                                                                                                           <  1:521445/141‑1 (MQ=255)
  aCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGt                                                                                                                                         >  1:714437/1‑141 (MQ=255)
      ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCTTCGTTATTAGTTaaa                                                                                                                                     >  2:115200/1‑141 (MQ=255)
            catcttcggCATAGTCTAAGTGTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt                                                                                                                                 >  2:277158/9‑139 (MQ=255)
            catcttcgacATAGTCTAAGTATAAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACGAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCATCATCATCCGTTaaaaaat                                                                                                                                 >  1:397679/10‑140 (MQ=255)
            cATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt                                                                                                                                 <  1:468003/141‑3 (MQ=255)
             atcgtcggCATAGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTTTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagtc                                                                                                                                <  1:219701/134‑4 (MQ=255)
                  tAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTTTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTTATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTat                                                                                                                         >  2:564485/1‑140 (MQ=255)
                    gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt                                                                                                                       >  2:546254/1‑141 (MQ=255)
                    gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATATAAACCTTGTTATAAATCTC‑ACTAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGGCATTAGTTAAAAAAATAATTTCACt                                                                                                                       >  2:149684/1‑141 (MQ=255)
                      aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATACGTTCACATGCGTTTTTGATATAAACCGTGTTCTAAATCTC‑AAAAATTTTTTT‑CTGTTTTCATCGTCCTTAGTTATAAAAATAATTTAATTgg                                                                                                                     >  1:368957/1‑140 (MQ=255)
                      aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa                                                                                                                     <  1:188527/141‑1 (MQ=255)
                         aTCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCACTATAATTTAAACTCCATTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATCTTTTG‑CTGTTTTTATCTTCATTAGTTAAAAAAATCAtttcaatgtctt                                                                                                                  >  2:446534/1‑132 (MQ=255)
                          tCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTT‑AATAACTATTTT‑CTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt                                                                                                                 <  2:304389/141‑1 (MQ=255)
                             ttatataAATTTTTATGCTATTATTTAATTAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                                              <  2:59289/140‑1 (MQ=255)
                             atatataAAATTTTATGGTGTTATTTGAGTAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                                              >  1:185125/1‑141 (MQ=255)
                             atatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATCCGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑CATCAACTTTTG‑CTGCGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg                                                                                                              <  2:735278/141‑1 (MQ=255)
                             atatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta                                                                                                              >  2:141951/1‑140 (MQ=255)
                              tatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga                                                                                                             <  2:687252/141‑1 (MQ=255)
                              tatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga                                                                                                             <  1:624711/141‑1 (MQ=255)
                               atataAAATTTTTGGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTgag                                                                                                            <  2:291856/141‑1 (MQ=255)
                                 ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc                                                                                                          <  1:647447/141‑1 (MQ=255)
                                  taAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGAcc                                                                                                         >  1:294142/1‑141 (MQ=255)
                                        tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa                                                                                                   <  1:251338/141‑1 (MQ=255)
                                           aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACCTAGGCCGATGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                                >  1:181540/1‑141 (MQ=255)
                                           aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAATTGATTTTTTgtttactgttttaat                                                                                                >  2:306007/1‑127 (MQ=255)
                                           aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                                >  2:251906/1‑141 (MQ=255)
                                           aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                                                >  2:131039/1‑141 (MQ=255)
                                               tattatTTAAATAATTAGCTACAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTGAATtgat                                                                                            >  1:395127/1‑141 (MQ=255)
                                               tattagTTAAATAATTGGCTCTAACTTAACAAGCGTTTGCGATAGAAGCCTGATTCTAAATCTA‑AATAATTGTTGG‑TTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTTAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgat                                                                                            <  2:169744/141‑1 (MQ=255)
                                                 ttattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACAtgatga                                                                                          >  1:109170/1‑141 (MQ=255)
                                                   attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt                                                                                        <  1:99653/141‑1 (MQ=255)
                                                    tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc                                                                                       <  2:147816/141‑1 (MQ=255)
                                                     ttAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAACTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCTGTATTAATTAAAAAAATAATTTAACTGTGTTTTTAAGACCGTTTTAAATTCATACCTCa                                                                                      >  2:153173/1‑141 (MQ=255)
                                                          taatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAAcc                                                                                 <  1:91065/141‑1 (MQ=255)
                                                            atTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCtt                                                                               <  1:183043/141‑1 (MQ=255)
                                                                gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGACTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc                                                                           >  1:712763/1‑141 (MQ=255)
                                                                     aaCTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCACCtt                                                                      >  1:115436/1‑141 (MQ=255)
                                                                       cTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCtttt                                                                    >  1:435315/1‑141 (MQ=255)
                                                                                cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt                                                           >  1:71813/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                                                     >  1:189898/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                                                     >  2:24154/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCCCTCGGTTTAATTGCt                                                   <  2:303610/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt                                                   <  1:278381/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         tataAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATACCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCtt                                                  >  2:323951/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          ttaAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt                                                 <  2:443802/140‑1 (MQ=255)
                                                                                               ccTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATACTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTActat                                            >  2:302848/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 ttGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAGTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATAttt                                          <  2:447300/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aaTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGt                                  >  1:98388/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          aTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGtc                                 <  1:760860/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             tc‑AATACTTTTTTG‑CTGCTTTCCTCGTCATTAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGCTTTCGAGACCTGTTTAAATTGATGACACAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTCATTGCTTTCATATTTACCACAGtctcc                              >  2:151964/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                       ttttG‑CTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAAttt                     <  1:516597/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         ttG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTg                   >  1:233855/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           g‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAACATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGct                 <  1:489994/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           g‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGct                 <  2:71813/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             cttttttCATCGTCATTAGTTAAAAAAAAACTTTCACTGAGTTTTTAAGATACTTACATATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGcta                <  1:22013/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     aTCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCTACTAAGttt        <  2:254246/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       cGTAATTAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCTACTAAGTTTGa      <  2:502967/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tCAGTAGTTAAAAAAATAATTTTTCTTAGTTTTTGCGACCTGTTTAAATTGATTACTAAAGACTTTTATCCCCATGTCACTCCATTTCATTATATTAAAAAATAGCACAGTCTCATTGTAATTTTGCTCATAAGGTTGaaa    <  2:237256/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           aTTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCTACTAAGTTTGAAata  <  1:249027/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                          
CAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTAATTTTGCTACTAAGTTTGAAATA  >  CP000730/2680075‑2680352

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑