| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,184 | T→A | 6.3% | intergenic (+236/+296) | USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,184 | 0 | T | A | 6.3% | 184.9 / 2.4 | 63 | intergenic (+236/+296) | USA300HOU_2536/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/29); new base A (2/2); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
AATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCA > CP000730/2680044‑2680324 | aaTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTACAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATATGTTTTCGATATAAAACTTTTTTTAAAtct > 1:183472/1‑141 (MQ=255) aTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAATTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAActctt > 2:457899/1‑140 (MQ=255) tGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑aa > 1:443802/1‑141 (MQ=255) gTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACATTGTTCTAAATCTC‑aataat > 2:489994/1‑141 (MQ=255) 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2:735278/141‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta > 2:141951/1‑140 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 2:687252/141‑1 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 1:624711/141‑1 (MQ=255) at‑ataAAATTTTTGGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTgag < 2:291856/141‑1 (MQ=255) ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc < 1:647447/141‑1 (MQ=255) 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2:251906/1‑141 (MQ=255) tattatTTAAATAATTAGCTACAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTGAATtgat > 1:395127/1‑141 (MQ=255) tattagTTAAATAATTGGCTCTAACTTAACAAGCGTTTGCGATAGAAGCCTGATTCTAAATCTA‑AATAATTGTTGG‑TTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTTAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgat < 2:169744/141‑1 (MQ=255) ttattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACAtgatga > 1:109170/1‑141 (MQ=255) attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt < 1:99653/141‑1 (MQ=255) tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc < 2:147816/141‑1 (MQ=255) 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1:435315/1‑141 (MQ=255) cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt > 1:71813/1‑141 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg > 1:189898/1‑141 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg > 2:24154/1‑141 (MQ=255) atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCCCTCGGTTTAATTGCt < 2:303610/141‑1 (MQ=255) atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt < 1:278381/141‑1 (MQ=255) tataAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATACCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCtt > 2:323951/1‑141 (MQ=255) ttaAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt < 2:443802/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATACTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTActat > 2:302848/1‑141 (MQ=255) ttGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAGTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATAttt < 2:447300/141‑1 (MQ=255) aaTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGt > 1:98388/1‑141 (MQ=255) aTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGtc < 1:760860/141‑1 (MQ=255) tc‑AATACTTTTTTG‑CTGCTTTCCTCGTCATTAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGCTTTCGAGACCTGTTTAAATTGATGACACAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTCATTGCTTTCATATTTACCACAGtctcc > 2:151964/1‑140 (MQ=255) | AATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCA > CP000730/2680044‑2680324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |