| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,132 | A→G | 8.1% | intergenic (+184/+348) | USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,132 | 0 | A | G | 8.1% | 188.2 / 3.7 | 70 | intergenic (+184/+348) | USA300HOU_2536/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/31); new base G (4/2); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCA > CP000730/2679997‑2680268 | aGAAGGTTTTATTTTATGACATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAAtt < 2:379506/141‑1 (MQ=255) gTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCt < 2:465879/141‑1 (MQ=255) tttttATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCta > 1:687252/1‑141 (MQ=255) atGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACa < 2:121930/141‑1 (MQ=255) tGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACAt > 1:447300/1‑141 (MQ=255) gAAATTATATTATTACTTCAACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATa < 2:691720/141‑1 (MQ=255) tattatTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTc < 1:694148/141‑1 (MQ=255) attaCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGata > 2:516597/1‑141 (MQ=255) actaCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGata < 1:227235/139‑1 (MQ=255) taCTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGAtata < 1:695709/141‑1 (MQ=255) ttCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAc > 1:642193/1‑141 (MQ=255) cTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ACAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCt < 2:211850/141‑1 (MQ=255) aCAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATCAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATCAACCtgg > 2:22013/1‑139 (MQ=255) aaaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTCTTTGAACTTTAGCACAAGCTATAT‑ATTAACTTTTATGCTACTATTTAATTGATTAGCTTTAACTTAACATAGGTTTTCGATATAACACTTGtt > 2:278381/1‑141 (MQ=255) aaaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATAGTTTTTCGATATAAACATTGtt > 1:303610/1‑141 (MQ=255) aaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTTTTc > 2:33779/1‑141 (MQ=255) aaTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTc < 2:676199/141‑1 (MQ=255) aTTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCCTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCt < 1:39866/141‑1 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTTTTCTa > 1:702189/1‑141 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTa > 1:502967/1‑141 (MQ=255) tttCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTa > 1:304389/1‑141 (MQ=255) aaTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTACAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATATGTTTTCGATATAAAACTTTTTTTAAAtct > 1:183472/1‑141 (MQ=255) aTTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAATTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAActctt > 2:457899/1‑140 (MQ=255) tGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑aa > 1:443802/1‑141 (MQ=255) gTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACATTGTTCTAAATCTC‑aataat > 2:489994/1‑141 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:232470/141‑1 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:746177/141‑1 (MQ=255) cGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATATTTAGTATAGTATCTTTGTTATCACGTTCATC‑AGTGTGGAAATAATTCGCTATCCTCTGTCATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTg < 2:350155/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:470687/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:461613/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213309/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTAGTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213139/141‑1 (MQ=255) tcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑ACTAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTc > 2:760860/1‑141 (MQ=255) cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCa < 2:671814/141‑1 (MQ=255) cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCa < 2:131742/141‑1 (MQ=255) ttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAGTAATTCGCTATAACTTAAAATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATATC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTGATTGTCAt > 1:254246/1‑141 (MQ=255) cAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑GTAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGttatta < 1:521445/141‑1 (MQ=255) aCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGt > 1:714437/1‑141 (MQ=255) ttattTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCTTCGTTATTAGTTaaa > 2:115200/1‑141 (MQ=255) catcttcggCATAGTCTAAGT‑GTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt > 2:277158/9‑139 (MQ=255) catcttcgacATAGTCTAAGT‑ATAAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACGAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCATCATCATCCGTTaaaaaat > 1:397679/10‑140 (MQ=255) cATCTTCGGCATCGTCTAAGT‑TTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt < 1:468003/141‑3 (MQ=255) atcgtcggCATAGTCTAAGT‑TTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTTTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagtc < 1:219701/134‑4 (MQ=255) tAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTTTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTTATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTat > 2:564485/1‑140 (MQ=255) gCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt > 2:546254/1‑141 (MQ=255) gCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATATAAACCTTGTTATAAATCTC‑ACTAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGGCATTAGTTAAAAAAATAATTTCACt > 2:149684/1‑141 (MQ=255) aTAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATACGTTCACATGCGTTTTTGATATAAACCGTGTTCTAAATCTC‑AAAAATTTTTTT‑CTGTTTTCATCGTCCTTAGTTATAAAAATAATTTAATTgg > 1:368957/1‑140 (MQ=255) aTAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa < 1:188527/141‑1 (MQ=255) aTCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCACTATAATTTAAACTCCATTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATCTTTTG‑CTGTTTTTATCTTCATTAGTTAAAAAAATCAtttcaatgtctt > 2:446534/1‑132 (MQ=255) tCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTT‑AATAACTATTTT‑CTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt < 2:304389/141‑1 (MQ=255) ttat‑ataAATTTTTATGCTATTATTTAATTAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:59289/140‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGGTGTTATTTGAGTAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg > 1:185125/1‑141 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATCCGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑CATCAACTTTTG‑CTGCGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:735278/141‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta > 2:141951/1‑140 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 2:687252/141‑1 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 1:624711/141‑1 (MQ=255) at‑ataAAATTTTTGGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTgag < 2:291856/141‑1 (MQ=255) ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc < 1:647447/141‑1 (MQ=255) taAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGAcc > 1:294142/1‑141 (MQ=255) tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa < 1:251338/141‑1 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACCTAGGCCGATGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 1:181540/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAATTGATTTTTTgtttactgttttaat > 2:306007/1‑127 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:251906/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:131039/1‑141 (MQ=255) tattatTTAAATAATTAGCTACAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTGAATtgat > 1:395127/1‑141 (MQ=255) tattagTTAAATAATTGGCTCTAACTTAACAAGCGTTTGCGATAGAAGCCTGATTCTAAATCTA‑AATAATTGTTGG‑TTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTTAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgat < 2:169744/141‑1 (MQ=255) ttattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACAtgatga > 1:109170/1‑141 (MQ=255) attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt < 1:99653/141‑1 (MQ=255) tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc < 2:147816/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAACTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCTGTATTAATTAAAAAAATAATTTAACTGTGTTTTTAAGACCGTTTTAAATTCATACCTCa > 2:153173/1‑141 (MQ=255) | AGAAGTTTTTATTTTATGAAATTATATTATTACTTCTACAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCA > CP000730/2679997‑2680268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |