| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,680,185:1 | +T | 6.6% | intergenic (+237/+295) | USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,185 | 1 | . | T | 6.6% | 248.6 / 9.9 | 61 | intergenic (+237/+295) | USA300HOU_2536/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (28/29); new base T (2/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCA > CP000730/2680047‑2680324 | tGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑aa > 1:443802/1‑141 (MQ=255) gTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACATTGTTCTAAATCTC‑aataat > 2:489994/1‑141 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:746177/141‑1 (MQ=255) aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑Ct < 2:232470/141‑1 (MQ=255) cGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATATTTAGTATAGTATCTTTGTTATCACGTTCATC‑AGTGTGGAAATAATTCGCTATCCTCTGTCATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTg < 2:350155/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:461613/141‑1 (MQ=255) gTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGt < 1:470687/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213309/141‑1 (MQ=255) cttcttcAACTATTAGTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTCTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCg < 1:213139/141‑1 (MQ=255) tcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑ACTAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTc > 2:760860/1‑141 (MQ=255) cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCa < 2:131742/141‑1 (MQ=255) cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCa < 2:671814/141‑1 (MQ=255) ttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAGTAATTCGCTATAACTTAAAATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATATC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTGATTGTCAt > 1:254246/1‑141 (MQ=255) cAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑GTAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGttatta < 1:521445/141‑1 (MQ=255) aCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGt > 1:714437/1‑141 (MQ=255) ttattTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCTTCGTTATTAGTTaaa > 2:115200/1‑141 (MQ=255) catcttcggCATAGTCTAAGT‑GTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt > 2:277158/9‑139 (MQ=255) catcttcgacATAGTCTAAGT‑ATAAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACGAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCATCATCATCCGTTaaaaaat > 1:397679/10‑140 (MQ=255) cATCTTCGGCATCGTCTAAGT‑TTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagt < 1:468003/141‑3 (MQ=255) atcgtcggCATAGTCTAAGT‑TTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTTTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaagtc < 1:219701/134‑4 (MQ=255) tAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTTTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTTATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTat > 2:564485/1‑140 (MQ=255) gCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt > 2:546254/1‑141 (MQ=255) gCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTAGATATAAACCTTGTTATAAATCTC‑ACTAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGGCATTAGTTAAAAAAATAATTTCACt > 2:149684/1‑141 (MQ=255) aTAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATACGTTCACATGCGTTTTTGATATAAACCGTGTTCTAAATCTC‑AAAAATTTTTTT‑CTGTTTTCATCGTCCTTAGTTATAAAAATAATTTAATTgg > 1:368957/1‑140 (MQ=255) aTAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa < 1:188527/141‑1 (MQ=255) aTCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCACTATAATTTAAACTCCATTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATCTTTTG‑CTGTTTTTATCTTCATTAGTTAAAAAAATCAtttcaatgtctt > 2:446534/1‑132 (MQ=255) tCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTT‑AATAACTATTTT‑CTGGTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt < 2:304389/141‑1 (MQ=255) ttat‑ataAATTTTTATGCTATTATTTAATTAATTCGCTATAACTTAACATACTTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:59289/140‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGGTGTTATTTGAGTAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg > 1:185125/1‑141 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATCCGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑CATCAACTTTTG‑CTGCGTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTg < 2:735278/141‑1 (MQ=255) atat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTTGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttttta > 2:141951/1‑140 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 1:624711/141‑1 (MQ=255) tat‑ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 2:687252/141‑1 (MQ=255) at‑ataAAATTTTTGGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTgag < 2:291856/141‑1 (MQ=255) ataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAc < 1:647447/141‑1 (MQ=255) taAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGAcc > 1:294142/1‑141 (MQ=255) tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa < 1:251338/141‑1 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACCTAGGCCGATGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 1:181540/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAATTGATTTTTTgtttactgttttaat > 2:306007/1‑127 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:131039/1‑141 (MQ=255) aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt > 2:251906/1‑141 (MQ=255) tattatTTAAATAATTAGCTACAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTGAATtgat > 1:395127/1‑141 (MQ=255) tattagTTAAATAATTGGCTCTAACTTAACAAGCGTTTGCGATAGAAGCCTGATTCTAAATCTA‑AATAATTGTTGG‑TTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTTAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtgat < 2:169744/141‑1 (MQ=255) ttattTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACAtgatga > 1:109170/1‑141 (MQ=255) attTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt < 1:99653/141‑1 (MQ=255) tttAAACAATTCGTTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTc < 2:147816/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAAACTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCTGTATTAATTAAAAAAATAATTTAACTGTGTTTTTAAGACCGTTTTAAATTCATACCTCa > 2:153173/1‑141 (MQ=255) taatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAAcc < 1:91065/141‑1 (MQ=255) atTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCtt < 1:183043/141‑1 (MQ=255) gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGACTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc > 1:712763/1‑141 (MQ=255) aaCTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCACCtt > 1:115436/1‑141 (MQ=255) cTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCtttt > 1:435315/1‑141 (MQ=255) cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt > 1:71813/1‑141 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg > 2:24154/1‑141 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg > 1:189898/1‑141 (MQ=255) atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCCCTCGGTTTAATTGCt < 2:303610/141‑1 (MQ=255) atatAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt < 1:278381/141‑1 (MQ=255) tataAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATACCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCtt > 2:323951/1‑141 (MQ=255) ttaAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCttt < 2:443802/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATACTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTActat > 2:302848/1‑141 (MQ=255) ttGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAGTTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATAttt < 2:447300/141‑1 (MQ=255) aaTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGt > 1:98388/1‑141 (MQ=255) aTCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGtc < 1:760860/141‑1 (MQ=255) tc‑AATACTTTTTTG‑CTGCTTTCCTCGTCATTAGATAAAAAAATAATTTAACTGAGCTTTCGAGACCTGTTTAAATTGATGACACAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTCATTGCTTTCATATTTACCACAGtctcc > 2:151964/1‑140 (MQ=255) | TGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATAT‑ATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑CTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCA > CP000730/2680047‑2680324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |