| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,562,956 | A→C | 7.2% | I211L (ATT→CTT) | USA300HOU_2424 → | APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,562,956 | 0 | A | C | 7.2% | 277.6 / 9.1 | 110 | I211L (ATT→CTT) | USA300HOU_2424 | APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/48); new base C (7/2); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TTGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATACC > CP000730/2562816‑2563095 | ttGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATAttcattca < 1:872660/141‑1 (MQ=255) tGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGGGGCATGTTGAGGACACCAACATATGGTTTCTTAATATCATTCCAAATTTCTGTATATtcattcat > 1:225545/1‑141 (MQ=255) ggTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCGCTGGTGGTACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTcattcatt > 1:883991/1‑141 (MQ=255) ggTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTcattcatt < 1:505625/141‑1 (MQ=255) 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2:172223/1‑141 (MQ=255) gCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAAtt < 1:228673/141‑1 (MQ=255) gCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATACTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCCATTGGTAGtt > 2:498807/1‑141 (MQ=255) atatTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACTAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATgtc > 1:524920/1‑141 (MQ=255) tatTCATTCATTGGCATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATgtca > 1:639706/1‑141 (MQ=255) ccttcattGAAACTGAACTTACAAATGTAACTGCCGAAAAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTAACCGTATTTTATTATTCTATACCCGTCGCCAATTAGTAATTATgtcagtca < 2:968170/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) | TTGGTCTTGTATTAATCTTTTTCTCATTTAAAACACATTATGGACATGCATCATTCACAAACTTAATCAGTCACGGTGGCATGTTCCCTGGTGGAACATTTGGTTTCTTAATGTCATTCCAAATTGCTGTATATTCATTCATTGGTATTGAACTTATAGGTGTAACTGCTGGTGAAACGAAAGATCCTGAAAAAACCTTACCGAAAGCAATTAATAATGTACCTATCCGTATTTTATTATTCTATATCGGTGGTCTATTAGTAATTATGTCAGTCATACC > CP000730/2562816‑2563095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |