| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,749,331 | C→A | 35.6% | G40C (GGT→TGT) | secDF ← | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,749,331 | 0 | C | A | 35.6% | 121.6 / 94.7 | 108 | G40C (GGT→TGT) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/31); new base A (17/21); total (55/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGAACGCAATTATTCTACTACTTTTCTTCACATGAACACCTCATTATTTACGTA > CP000730/1749191‑1749471 | ttcAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCAcc < 1:921139/141‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg < 2:154077/141‑1 (MQ=255) aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGc < 1:603420/141‑1 (MQ=255) cTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCa > 1:177044/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |