Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 23.3% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 23.3% | 267.5 / 79.0 | 128 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/52); new base A (11/19); total (57/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACT > CP000730/195149‑195426 | tttgttCTTGCTAAACTTGCTACGATAGTTTCTTTAGCCATAATGAGAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATTCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 2:224967/137‑1 (MQ=255) gTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGCTTCTTTATCAAAAATGATCGTCCCCTATATATATGTTTAATTAATTATACCCTAACTTTTTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaaa < 1:1182077/141‑1 (MQ=255) ttCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaaaaa > 1:442923/1‑141 (MQ=255) acaaaaCTTGCCACAACATATTCTATAACCAAAATAATAGACCCTTATATACATGTTTATTTACTTATACCCTAACAAGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCt < 2:462207/138‑1 (MQ=255) cTAATCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCtt < 2:351818/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATGCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCtt < 1:772947/141‑1 (MQ=255) aaaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTTTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTaa > 1:207615/1‑141 (MQ=255) tGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGAGAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATcc < 2:587835/141‑1 (MQ=255) tGCTACGACACATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTACATATTTAAAAAAATATCTTAATATcc > 1:877569/1‑141 (MQ=255) gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCt > 2:187402/1‑141 (MQ=255) aCGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACGGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTATAATCCtttt > 2:304334/1‑139 (MQ=255) agaaagatactaaaTCCATAAAGATAGCCGCGTTCATCTAGGTTTCTTAACAAAAACCCTAACACGACTTTTACACACATTGAAAATATATTTTACTGTATTTTATCAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTa < 2:421087/128‑1 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc < 1:946128/141‑1 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc < 1:837310/141‑1 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc < 1:946217/141‑1 (MQ=255) cAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTACATCTATGTTTATGGACTTATACCCTAACATGATTTTGACACTCTTGAAACATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATc < 1:203216/141‑1 (MQ=255) aGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTATATAAGGTGATCTAGATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATcc > 1:91567/1‑141 (MQ=255) aGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATcc > 2:1108412/1‑141 (MQ=255) gATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCg < 2:908811/141‑1 (MQ=255) gATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCg > 1:988450/1‑141 (MQ=255) gATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCg < 1:552255/141‑1 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATTCTTGTAATTCGATAAGAAt > 2:650106/1‑141 (MQ=255) aTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 1:565187/1‑141 (MQ=255) ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta > 2:189554/1‑141 (MQ=255) ccATAATGATAGCCAACTATATTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATta < 2:185965/141‑1 (MQ=255) cATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtat < 1:603580/141‑1 (MQ=255) cATAATGAGAGCCCCCTATATATATGGTTATTTACTTATACCCTACCATAATTTAGTGACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtat < 1:34116/141‑1 (MQ=255) aTAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTGTCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtata < 1:858982/141‑1 (MQ=255) aTAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtata < 2:906503/141‑1 (MQ=255) aaTGTTCGCCCCCTATATATATGTTTCTTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt < 1:390149/141‑1 (MQ=255) aaTGCTAGCCCCCTAGCTATATGTTTATTTACTTATCCCCTAACATTTTTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt < 1:326961/141‑1 (MQ=255) aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 1:938112/141‑1 (MQ=255) aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATAATAGAAata > 2:1171860/1‑141 (MQ=255) agtttccTATATATATGTTCGGGGTCGTATGCTCTGACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAGAAGAATTATAGTAATAtt < 2:835796/136‑1 (MQ=255) gCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTATGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttt > 1:803856/1‑141 (MQ=255) cccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTCATCCGTTAAGAATTATAGTAATAgttt > 1:862947/1‑141 (MQ=255) cccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATTAGAATTAATGTAATAtttt > 2:611745/1‑141 (MQ=255) cccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 1:627740/1‑141 (MQ=255) ccccTCTATTTTTGTTTATTTACTTATACCCTAGCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATCTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:144239/141‑1 (MQ=255) atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 2:537621/141‑1 (MQ=255) atatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 1:711947/141‑1 (MQ=255) tatatatGGTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAcc < 1:489721/141‑1 (MQ=255) atatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCa > 2:1018271/1‑141 (MQ=255) atatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCGTTGAAAATATATTTTACAGAATGTTATCTAAATATTTAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCa < 1:1142771/141‑1 (MQ=255) tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 1:647650/141‑1 (MQ=255) tGTTTACTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGtt < 1:28060/141‑1 (MQ=255) gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCACCCATTGTta > 1:1058253/1‑141 (MQ=255) tatttaCTTATACCCTAAAATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCTGTTAAGAATTATGGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATag > 1:939177/1‑141 (MQ=255) tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagga > 1:260748/1‑141 (MQ=255) tccgtatcCCGTAACATGATTTTTATCCTCTTTGATCATATTTTTTTCTATCTTATCCAGAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTCTaggagg < 2:842932/137‑1 (MQ=255) taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 1:355612/141‑1 (MQ=255) aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt < 2:803856/141‑1 (MQ=255) cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAAGTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc > 2:252557/1‑141 (MQ=255) ttATACCCTCATATGATTTTTATAGTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCt < 1:272926/141‑1 (MQ=255) ataCCCTAACATGATTTTTTTTTTTTTTTTAAATATAATTAACAGAAACTAAATTAAATATTTAAAAAAAAATTTTAATATCCTTGTAACCCAATAATAATAATAGTAATATTATATCAACCATTGTTATATGATATCttt > 2:610411/1‑140 (MQ=255) aCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCtta < 1:909869/139‑1 (MQ=255) taCATTATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa < 1:477965/140‑1 (MQ=255) aaCATGATTTTTATTCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa < 1:1041323/141‑1 (MQ=255) aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa > 1:785138/1‑141 (MQ=255) cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAAGTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGaaa > 1:239126/1‑139 (MQ=255) aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat > 2:903469/1‑141 (MQ=255) aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat < 2:383580/141‑1 (MQ=255) tGATTTTTTTTTTTTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCAATAAAACTTATAGTAATATTTTTTCATTCTTTGTTATAGAAGATCATATTAATAACatt > 2:289305/1‑141 (MQ=255) ttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGATAtttttt > 2:268258/1‑141 (MQ=255) ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat < 1:631589/141‑1 (MQ=255) ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat > 2:44357/1‑141 (MQ=255) ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat > 1:556704/1‑141 (MQ=255) aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 2:4169/1‑141 (MQ=255) aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTATTTTTTTTATAGGAAGTATTATTAATTACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 2:190146/1‑141 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTacaaa > 1:1134164/1‑137 (MQ=255) atatatTTTACAGAATTTTAGCTAAATATTTAAAAAAATATCTTGATATCCTTGTAATGCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCGTATTAATCACATTATTTTGATTAGAAGCTAACaa > 1:725580/1‑141 (MQ=255) tatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt > 1:963171/1‑141 (MQ=255) atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGc > 1:635695/1‑133 (MQ=255) atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGc < 2:635695/133‑1 (MQ=255) atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 2:91567/141‑1 (MQ=255) tattatACAAAATTTTATCTAAATATATAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGCAACCACTGTTATTAGAAGCTAACAATCt < 2:256282/141‑1 (MQ=255) tatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCt < 1:843390/141‑1 (MQ=255) tatTTTACAGAATTGTATCAAAATAATTAAAAAAATATCTTAATGTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCt > 1:654515/1‑141 (MQ=255) atTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCtt < 1:895493/141‑1 (MQ=255) ttttACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg < 1:647952/141‑1 (MQ=255) tgttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTg < 2:293305/139‑1 (MQ=255) tttACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGa > 2:704189/1‑141 (MQ=255) tACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 2:683656/141‑1 (MQ=255) aaaGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 2:442923/139‑1 (MQ=255) cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTACCAATCTTGAtttt > 1:237717/1‑141 (MQ=255) aGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTg < 2:505359/141‑1 (MQ=255) ttttATCTAAATATTTCAAAAAATATCTTACTTTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATACTAATATTTTTTCAACACTTGTTGTAGGAGTTCTTTTTAATGAGCTTCTTTTCTTTCGAAGCTAACACTCTTGTTTTTTCATc > 2:150673/1‑141 (MQ=255) ttttATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAAAAATCTTGATTTTGCATc > 2:645496/1‑141 (MQ=255) tttATCTACATATTAAAAAAAATATGTTAATATCTTTGTAATCCGATAAGAAAAATATTAATAATTTTTCAACAATTGTTATAGGAGGTCTTAACAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTACCAATCTTGATTTTGCCTCa > 2:453257/1‑141 (MQ=255) tATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACGATCTTGATTTTGCATCAAc > 2:803588/1‑141 (MQ=255) aTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 1:1105330/141‑1 (MQ=255) cTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa > 2:642643/1‑141 (MQ=255) cTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:1018271/141‑1 (MQ=255) tAAATATTTAAAAAAATATATTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaaa > 1:718093/1‑141 (MQ=255) aaTATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaaga > 2:535148/1‑141 (MQ=255) aaTATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAGTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaaga < 1:1055239/141‑1 (MQ=255) aaTATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATCATGGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaaga < 2:939177/141‑1 (MQ=255) atatTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCCACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaa < 1:473277/141‑1 (MQ=255) atatTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaa < 2:944001/141‑1 (MQ=255) tAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCGTCAACGATAGAAGAACt > 1:253539/1‑141 (MQ=255) | TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACT > CP000730/195149‑195426 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |