| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,064,445 | Δ1 bp | 27.3% | coding (44/1218 nt) | USA300HOU_1000 ← | LytR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,064,444 | 0 | A | . | 27.3% | 209.2 / 89.1 | 88 | coding (45/1218 nt) | USA300HOU_1000 | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/32); new base . (12/12); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
ATAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATA > CP000730/1064304‑1064582 | aTAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgaga > 2:750422/1‑141 (MQ=255)aTAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATgaga > 2:674618/1‑141 (MQ=255) aGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATATCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAAc > 1:639752/1‑141 (MQ=255) gttgttCTTCGGGATTGACTTTAATATCTCTTAAGGTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCa < 2:653245/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGACTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTATCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAg < 2:893064/141‑1 (MQ=255) cGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAg > 1:825689/1‑141 (MQ=255) ggATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAgg > 2:260771/1‑141 (MQ=255) ggATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGAATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACCTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGa < 2:24517/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGAt > 2:90786/1‑141 (MQ=255) ttGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATc < 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(MQ=255) gACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtga < 1:614394/141‑1 (MQ=255) gACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtga < 1:457069/141‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:1092251/141‑1 (MQ=255) aCGATTAGCATTTTTGCTGACTGTAGAAGATTCCAATGCATCTTGGGCCGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGTAACAACAATGAGACCCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgat < 1:40322/141‑1 (MQ=255) gaatatgagttttTCTGTTTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTTGAACTTTTAAAAAAGCAACGTATCGAAGACTATTGGAACAACAATTAGAACCAATGCTAGTAGGATCTGAAAGTTTTTTAAAAATTTATTCAtgattg < 2:475625/132‑1 (MQ=255) gATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattg < 2:236652/141‑1 (MQ=255) ttAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattgat < 1:795075/141‑1 (MQ=255) tAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGc < 1:1136599/141‑1 (MQ=255) aGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGc < 1:837598/141‑1 (MQ=255) aGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGc < 1:311399/141‑1 (MQ=255) cATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTc > 1:390631/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gaTTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTaa < 1:952980/141‑1 (MQ=255) ttCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAACTTTTTGTTAaat > 1:446621/1‑141 (MQ=255) ttCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaat > 1:50012/1‑141 (MQ=255) ttCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATAAAAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTGATTCTAGATTGATGCTACTATCTTAAATTTTTATTAaat > 2:272603/1‑141 (MQ=255) ttCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAAGGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaat > 1:522232/1‑141 (MQ=255) tCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatca > 2:170852/1‑141 (MQ=255) cGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGGAGGATCAAAAAGTATTTTAAGAATTTATTCATGATTGATGCTCATATATTAAATTTTTGTTAaatcat > 2:407335/1‑141 (MQ=255) tcttcagcgtGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATACTACTATATTAAATTTTTGTTAaatcata > 2:12925/10‑141 (MQ=255) aaTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcata > 2:919009/1‑141 (MQ=255) aaTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcata > 2:891697/1‑141 (MQ=255) gCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataatc > 1:460423/1‑141 (MQ=255) 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2:858589/1‑141 (MQ=255) ttAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAAtata < 1:990608/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACGTAGAGAAGACTATTGGAACAACAATGA‑TGCCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAAt < 2:128802/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATaa > 1:233824/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCTTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAAt < 1:544014/141‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAAt < 1:1027209/141‑1 (MQ=255) 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1:298356/141‑1 (MQ=255) ttGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGCAGGATATTTGTACaa > 1:17312/1‑141 (MQ=255) tGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTtatcataa > 1:558002/1‑136 (MQ=255) tGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc > 1:1089151/1‑141 (MQ=255) tGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTGAGATTATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc > 1:326106/1‑141 (MQ=255) gAACAAGAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTc < 1:105638/141‑1 (MQ=255) 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2:94745/1‑140 (MQ=255) tGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTCTTTTAAAAATTTATTCCTGATTTATGCTGCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTATTaa > 2:543844/1‑141 (MQ=255) ggaACCAATGCTAGAATGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:581383/140‑1 (MQ=255) cgaAACAATGCTAGAAGCATCAAAAAGTATTTTGAAAATTTATTCATGATTGATTCGCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCCTAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACCACTTCATTACTAATa < 2:1105556/140‑1 (MQ=255) agaACCTATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATACTAATCTTAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:1124557/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAATTATTATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:1129783/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:629205/141‑1 (MQ=255) agaACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATa < 1:711597/141‑1 (MQ=255) | ATAGGTTGTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTACTAATA > CP000730/1064304‑1064582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |