| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 35.0% | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026 ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 35.0% | 239.2 / 177.1 | 197 | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/65); new base T (31/38); total (94/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
CCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36444‑36719 | ccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACtat < 1:579120/141‑1 (MQ=32)ccTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACtat < 1:727868/141‑1 (MQ=32) cTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACtata < 2:949799/141‑1 (MQ=32) tAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 1:594835/141‑1 (MQ=34) atatTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAAtt < 2:230664/141‑1 (MQ=35) tatTTCATATATATCACGATAACTCAATGTTTATACTAGATAGTACTCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTc < 1:573372/141‑1 (MQ=11) aatTTCAGATAAATCACGATAACTCAATGAATAACAAAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTc < 1:7589/140‑1 (MQ=11) ttCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTGCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAAc > 1:691350/1‑141 (MQ=25) cAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACtt > 1:1110529/1‑141 (MQ=34) gtatatTACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGc < 1:467693/140‑1 (MQ=25) tatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAGCTTTTCAAc > 2:753881/1‑141 (MQ=11) tatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAc > 1:659772/1‑141 (MQ=35) tatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTAAACTTTGCAAc > 1:1046244/1‑141 (MQ=25) tCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAg > 1:314302/1‑141 (MQ=35) cgaaatcTCAATGCATATCTTAGATAGTACGCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAc < 2:338911/135‑1 (MQ=11) cGATAACTCAATGTACACCCTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACCTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAACACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAc < 1:547938/141‑1 (MQ=11) caTAACTCAACGGATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGATGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACTGTAcc < 2:837565/140‑1 (MQ=11) atagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCg < 1:1001994/137‑1 (MQ=9) tagctaaaTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTTTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:672962/135‑1 (MQ=11) tagctaaaTGCATATCTTAACTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATCAATTCCCCTTTGCAACAGAACCGt < 2:1097549/135‑1 (MQ=11) tagcacaaggcatatCTTAGATAGTAGCCAACTGCTACATTGATAACATCTTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:611545/130‑1 (MQ=11) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:185295/138‑1 (MQ=9) gcccAATGCATATCTTAGATAGTAGACAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat < 1:346211/138‑1 (MQ=255) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCTACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:959992/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:596919/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat < 1:785607/140‑1 (MQ=12) cTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:221627/1‑141 (MQ=38) cTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTCCAACAGAACCGtatt > 2:578053/1‑141 (MQ=255) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:135142/1‑141 (MQ=18) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt < 2:166589/141‑1 (MQ=21) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt < 2:188832/141‑1 (MQ=21) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 2:858611/1‑141 (MQ=16) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt > 2:514334/1‑140 (MQ=16) ctaagcgtatCGTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAAACTCCATGGTAAAATGTTGAGGACTGAGATAGTTCATCCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAGATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACGGAACCGtatttt > 2:291144/8‑139 (MQ=2) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttat > 1:962203/5‑137 (MQ=255) tgaatatCTTAGACAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATCCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGa < 1:1002335/138‑1 (MQ=255) agcatatCTTAGATAGCAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:215143/138‑6 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATTGTTCATTCAGAATACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgta < 2:119217/139‑12 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga > 1:950757/3‑135 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga > 1:143810/3‑135 (MQ=255) tataTCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAAt < 1:791990/141‑1 (MQ=255) tataTCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAAt < 2:936196/141‑1 (MQ=255) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATATGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag < 2:698481/140‑8 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactata < 1:149946/140‑13 (MQ=11) ctatCTTAGATAGTACCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAccctcctaactgtatt < 2:1015969/140‑14 (MQ=11) atatatTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTAGAACTGAAATAGTTCATAAAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACGGCACCGtaattactgaga > 2:33061/1‑131 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAGATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa > 2:214688/1‑141 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagt > 1:280774/1‑133 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAccacataactgaatta > 2:930602/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta > 2:898502/1‑132 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATag > 1:631308/1‑141 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg > 2:807826/1‑127 (MQ=11) ttCTTAGTTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac < 2:689757/140‑11 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac < 2:1035144/141‑11 (MQ=255) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACGTTGCAACAGAACCTtattttatgagtac < 2:457705/141‑11 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATaga > 2:239778/1‑141 (MQ=255) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCACTAAAGGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATaga < 1:525369/141‑1 (MQ=14) tttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacac < 1:398108/140‑13 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCAACAGCTAAAGGGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCTtatttactatatgggc < 1:240020/141‑13 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacact > 2:71586/1‑128 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTAGCAACATAACCGtattgtataagtacact > 1:628959/1‑128 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGAt < 1:527862/141‑1 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:1029352/141‑15 (MQ=11) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGt < 1:331239/141‑1 (MQ=255) tagtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCCGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATTTTgg < 2:669087/141‑1 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGt > 2:527609/1‑141 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGATgga > 2:209267/1‑140 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAc < 1:836508/141‑1 (MQ=255) gttggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAttt > 2:533468/4‑141 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTta < 1:1023969/141‑1 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 2:23033/1‑141 (MQ=255) gCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATAc > 1:495396/1‑141 (MQ=255) cTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATAGTTTATATCTGAAATAGTTCATACATAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGAAACATTTCTACa > 2:687476/1‑141 (MQ=255) gTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATc > 1:653639/1‑141 (MQ=255) aaTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATAc < 2:419309/140‑1 (MQ=255) aTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACt > 1:926092/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGttt > 2:633536/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGttt > 1:561626/1‑141 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAt > 1:892109/1‑141 (MQ=255) tGTTTATAACTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTc < 1:514763/141‑1 (MQ=255) atatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttat > 1:898482/1‑141 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttatt > 2:1036450/1‑141 (MQ=255) tCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTAc > 1:437647/1‑141 (MQ=255) tCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTAc > 2:390956/1‑141 (MQ=255) tCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTCAAGGTTAATTTCGTTATTAc > 1:427502/1‑141 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGa < 1:214688/141‑1 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTGTAATTTCGTTATTACAGAACcaca > 2:1058177/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTGGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTAGTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca < 2:380345/141‑1 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACAt < 1:592817/141‑1 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACAt < 1:1011035/141‑1 (MQ=255) cATACAGAAGACTCCGTTTTGTTAAAATTATACTCTAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATCTATACAGTATCATTATACTTAAGTTTAATTTTGTTATTACAGAACCACACAt < 1:672023/141‑1 (MQ=38) aTACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACAtt > 2:1025176/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTATAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAAGAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAcc > 2:996398/1‑141 (MQ=255) gaCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTGTGGAATGGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTATTTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCACCCaa > 2:854459/1‑140 (MQ=255) gaCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACATAAGTTTATTTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCACCCaa > 2:877495/1‑140 (MQ=255) aaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCag < 2:1109001/140‑1 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaaga > 1:216304/1‑141 (MQ=255) tAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATg < 2:285069/141‑1 (MQ=255) aaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCt < 1:39494/141‑1 (MQ=255) taCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTa > 1:131466/1‑141 (MQ=255) | CCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36444‑36719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |