BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,124	G→A	55.7%	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,124	0	G	A	55.7%	244.6 / inf	923	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (203/201); new base A (280/228); total (488/435)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-03

Only 100 of 926 total aligned reads displayed.

AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35984‑36263

      tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                        >  1:1024339/1‑141 (MQ=255)

           ttcgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                                   <  2:764802/138‑4 (MQ=255)

           gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                   <  1:61066/141‑1 (MQ=255)

            cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                                  <  2:152439/141‑1 (MQ=255)

                 ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGtt                                                                                                                             <  2:43399/141‑1 (MQ=255)

                 ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGtt                                                                                                                             >  2:912047/1‑141 (MQ=255)

                 ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                             >  2:254247/1‑141 (MQ=255)

                  tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                            >  1:486591/1‑141 (MQ=255)

                   gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                           >  2:32660/1‑141 (MQ=255)

                         ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑c                                                                                                                    >  1:729627/1‑141 (MQ=255)

                         ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑c                                                                                                                    <  2:830590/141‑1 (MQ=255)

                         ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑c                                                                                                                    <  1:960201/141‑1 (MQ=255)

                         ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAGCCATTGCTCCCTTCGTTGAAGGTG‑c                                                                                                                    >  1:232589/1‑141 (MQ=255)

                          tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑cc                                                                                                                   >  2:269652/1‑141 (MQ=255)

                           gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCt                                                                                                                  >  1:176934/1‑141 (MQ=255)

                            aTACTTTGTCTGTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTg                                                                                                                 <  2:515771/141‑1 (MQ=255)

                            aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTg                                                                                                                 <  1:531732/141‑1 (MQ=255)

                             tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGa                                                                                                                >  2:984736/4‑141 (MQ=255)

                             tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTgg                                                                                                                >  1:426582/1‑140 (MQ=255)

                               ccTTTTCTTTCTGACTTTAATATGACTGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTACTCTTTTCTTCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATc                                                                                                              <  2:478910/141‑1 (MQ=11)

                               ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATc                                                                                                              >  2:349768/1‑141 (MQ=255)

                                cctGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCt                                                                                                             <  1:912711/139‑1 (MQ=255)

                                cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCt                                                                                                             >  1:764628/1‑141 (MQ=255)

                                 ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTg                                                                                                            >  1:1091871/1‑141 (MQ=255)

                                 ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTg                                                                                                            >  1:943807/1‑141 (MQ=255)

                                 ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTg                                                                                                            <  1:444981/141‑1 (MQ=255)

                                 ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGAGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCtt                                                                                                            >  2:1067143/1‑140 (MQ=255)

                                  tgaaatttttATTTCAATATGCTGGTGATCTTGCTCAATCAGGTTATTCATATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGt                                                                                                           <  2:825870/133‑1 (MQ=11)

                                    tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGaaa                                                                                                         >  1:596412/1‑141 (MQ=255)

                                    tcgttcttACTTTACTAGGACGGTGATCTTGCTCAATGCGGATATTCAGATGTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCCTCGTTGAAGGTG‑CCACATCTGCaa                                                                                                         >  2:242751/4‑141 (MQ=11)

                                      tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAAtt                                                                                                       <  1:827236/141‑1 (MQ=255)

                                       ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTa                                                                                                      >  1:392614/1‑141 (MQ=255)

                                         tttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTATAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                    <  2:649235/140‑1 (MQ=11)

                                         tgttcTTTAATATGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTCTCGCCATTTTTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                    <  2:182142/137‑1 (MQ=11)

                                         cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTAcc                                                                                                    >  2:230762/1‑141 (MQ=255)

                                         cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGGG‑CCTGATCTGTAATTAcc                                                                                                    >  1:1058526/1‑141 (MQ=255)

                                          ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGATGGTG‑CCTGATCTGTAATTAcgt                                                                                                   >  1:985918/1‑139 (MQ=255)

                                          ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                   <  2:1023737/141‑1 (MQ=38)

                                           tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGCGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                  <  2:446977/141‑1 (MQ=38)

                                             cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                >  1:651725/1‑141 (MQ=255)

                                             cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                >  2:742758/1‑141 (MQ=255)

                                              gttAATATTTCGGTGATCTTGCTCAATGTGGCTATTCTGATATTTCGGTGTACGATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTg                                                                                               <  1:891023/140‑1 (MQ=11)

                                               ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGa                                                                                              <  1:351265/141‑1 (MQ=255)

                                                  atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                                                           <  1:467997/141‑1 (MQ=25)

                                                  atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                           >  1:1000083/1‑140 (MQ=255)

                                                  atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                           <  2:967784/141‑2 (MQ=255)

                                                     tGACGGTGATCTTTCTCACTGAGGTTATTCAGATAATTCGATGTACAATGATAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTAGTTGAAGGTG‑CCTGAGCTGTAACTACCTTTTTAgtctta                                                                                        >  2:398893/1‑136 (MQ=11)

                                                     tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                        >  1:333205/1‑141 (MQ=255)

                                                      gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                       >  2:949352/1‑141 (MQ=255)

                                                      gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                                       <  1:47853/141‑1 (MQ=11)

                                                       aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                      >  1:930048/1‑141 (MQ=21)

                                                       aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                      >  1:750383/1‑141 (MQ=21)

                                                       aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                      >  2:67129/1‑141 (MQ=255)

                                                        cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                                     <  1:127521/141‑1 (MQ=19)

                                                          gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   >  1:859909/1‑141 (MQ=12)

                                                          gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                   <  1:310102/141‑1 (MQ=32)

                                                          gTGATCTTGCACAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGGTTACCaaa                                                                                   >  1:800819/1‑141 (MQ=11)

                                                              tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                               >  1:706131/1‑141 (MQ=12)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:703540/1‑141 (MQ=12)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  1:834984/1‑141 (MQ=17)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:1039178/1‑141 (MQ=17)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  1:555541/1‑141 (MQ=17)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:160727/1‑141 (MQ=255)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:682021/1‑141 (MQ=255)

                                                               cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGACATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                              >  2:791464/1‑141 (MQ=255)

                                                                tggCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                             >  2:135027/3‑141 (MQ=255)

                                                                 tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTa                                                                            <  2:418693/141‑1 (MQ=11)

                                                                   cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAGTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                          <  2:616694/141‑1 (MQ=12)

                                                                   cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                                                          <  1:873833/141‑1 (MQ=11)

                                                                    tCAATTAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTGGCGGTTGAGGTTTACGAAATTGTTTAATg                                                                         <  2:557020/141‑1 (MQ=11)

                                                                    tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                                         >  1:1076180/1‑141 (MQ=32)

                                                                        tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgagcc                                                                     >  2:30724/1‑139 (MQ=12)

                                                                        tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTGGTTGAATGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                     >  2:730278/1‑141 (MQ=11)

                                                                         gtggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAATATATGCTACCTTCGTTG‑AGATGCCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    <  1:259681/139‑1 (MQ=11)

                                                                         gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                    >  1:506151/1‑141 (MQ=11)

                                                                          aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                   <  2:215306/141‑1 (MQ=11)

                                                                           ggTTATTTAGGTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTCCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                  <  2:1104747/141‑1 (MQ=11)

                                                                           ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                  >  1:582049/1‑141 (MQ=11)

                                                                            agtATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGC‑TTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTTTTTAATGAGACGTTTg                                                                <  2:864741/139‑1 (MQ=11)

                                                                             ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGACATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                >  1:626849/1‑141 (MQ=11)

                                                                                ttCAGTTATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                             <  2:288091/141‑1 (MQ=11)

                                                                                  cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                           >  2:467525/1‑141 (MQ=12)

                                                                                  cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTGTGATaaa                                                           >  2:194028/1‑141 (MQ=12)

                                                                                    gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTTATAAGATTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTCTTTTAAGGTG‑CCTTATCTTTAATTACCTTTTGTGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                         <  2:369730/141‑1 (MQ=11)

                                                                                    gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                         <  2:1089135/141‑1 (MQ=255)

                                                                                     atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                        <  1:372800/141‑1 (MQ=11)

                                                                                      tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAACTTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                       >  1:151037/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGAAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                      <  2:596412/141‑1 (MQ=11)

                                                                                       agttCGATGTACAACGGCAGGTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                      <  2:928736/139‑1 (MQ=11)

                                                                                         ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                    >  1:1108472/1‑141 (MQ=17)

                                                                                         ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                    >  2:892819/1‑141 (MQ=12)

                                                                                          tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                   <  1:215276/141‑1 (MQ=11)

                                                                                            gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTACGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                 >  2:630119/1‑141 (MQ=12)

                                                                                              tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTGAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                               >  2:587131/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                 aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGTTGAATg                                            >  1:196793/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                 aCAATGGCAGTCAGGTTTAAATTTCAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                            >  1:99827/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    aTGACAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACTCATATGCTGAATGAtt                                         <  2:125358/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                      gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                                       >  2:777545/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                       ttcaaaGCTTTATTTACTGTAGCCATTGCTACCTTCGTTGATGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAc                      <  2:495216/138‑1 (MQ=0)

                                                                                                                                        tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCCAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAATCGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg     <  2:810572/141‑1 (MQ=2)

AAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTG‑CCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCC  >  CP000730/35984‑36263

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`