| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,827,998 | T→C | 5.0% | S14P (TCA→CCA) | icaD → | intercellular adhesion protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,827,998 | 0 | T | C | 5.0% | 347.9 / 4.2 | 124 | S14P (TCA→CCA) | icaD | intercellular adhesion protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/65); new base C (3/4); total (54/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTTGTAAGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATTATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAAAGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAATCATCGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGTTGC > CP000730/2827858‑2828137 | tttGTAAGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATCATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAATGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAat < 1:737655/141‑1 (MQ=255) tGTAAGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATTATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAAAGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAatca < 1:381816/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATTATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAAAGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAATCATCGc > 2:135218/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATTATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAAAGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAATCATCGc > 1:266123/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTCATCGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGtt > 1:217271/1‑141 (MQ=255) aaaTCATCGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGtt > 2:177597/1‑141 (MQ=255) atcatcGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTCTCAAATCAATCCGTTTTgt > 2:558858/1‑140 (MQ=255) atcatcGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGTTGc > 2:318062/1‑141 (MQ=255) atcatcGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTGGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGTTGc < 1:25194/141‑1 (MQ=255) | TTTGTAAGTTGGTATCCGACAGTATACTGGATTATTAACGCAGCAGTAGTTCTTGTCGCATTTCCAAAAGCATTAAAACGTAAGAAAGGTGGTTACGCAACATGGTCAAGCCCAGACAGAGGGAATACCCAACGCTAAAATCATCGCTAAATATTGTAAGAGAAACAGCACTTATCGCTATATCTTGTGTCTTTTGGATATATTGTTTAGTTGTTCTACTCGTTTATATTGGTACTATATTTGAAATTCATGACGAAAGTATCAATACAATACGTGTTGC > CP000730/2827858‑2828137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |