| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 62 (0.680) | 27 (0.340) | 15/226 | NT | 32.6% | coding (806/822 nt) | USA300HOU_0849 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 58 (0.730) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATA > CP000730/895645‑895925 | ggttgttttcaaggggaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaat > 2:393602‑M1/141‑141 (MQ=255)ggttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatcgggctaat < 2:15293‑M1/1‑1 (MQ=255)ggttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattctgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaat > 2:1057843‑M1/141‑141 (MQ=255)ggttgttatcaaggccaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcacgggtatgaataataaattatcttgaaaattgtataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgctaatctggctaat < 2:367719‑M1/1‑1 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aaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAaata < 2:131152‑M1/16‑1 (MQ=255) ccTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAaataa > 1:389720/1‑141 (MQ=255) agggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCaa < 2:12238‑M1/23‑1 (MQ=255) cAAACTTAACTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAAt < 1:838832/141‑1 (MQ=255) aaccTTAATTGATGTTAAAGAAGGATATGAAGAAGATAAGAAAATCAAAGCATTAATGGAAGTATTACAATCTAACGATATTTAAGACTTAATTAATGAAAAATACAATGGGGCAGTGATTACTGCATAACAATACCAGtt < 2:731411/138‑1 (MQ=255) ataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatcgtgctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaa < 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2:407744‑M1/44‑1 (MQ=255) aagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacagtgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATaac < 1:211703‑M1/48‑1 (MQ=255) aagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATCCCCATTAATTAAAAATACCCTGTAATaac < 2:546314‑M1/48‑1 (MQ=255) cAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACACTCTAAAGCTATTCGAGAATTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTTCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCTTTTAATAACAACGa < 2:911975/141‑1 (MQ=255) cAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGa > 1:200134/1‑141 (MQ=255) cAAGATGATAAGAAAATCAAAGCAATAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATGAAATAAAAGTACCCTTTAATAACAACGa > 1:704246/1‑141 (MQ=255) gatgatAAGAAAATCAACGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATCATACCAATTAAAGAAAAATCCCCATtaataaaagacatta > 2:183687/1‑132 (MQ=255) gatgatAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTa > 1:1004341/1‑141 (MQ=255) gatgatAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGCATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTACATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGAATa > 2:285518/1‑141 (MQ=255) aaGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGt < 1:69255/141‑1 (MQ=255) aaGAAAATCAAAGCATGAATTGAAGTGTTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTACTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGt < 1:675035/141‑1 (MQ=255) aGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTACGGGGtt > 1:638282/1‑141 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1:757611‑M1/126‑1 (MQ=255) tgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAGAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAtt < 1:758207‑M1/126‑1 (MQ=255) tgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAtt < 2:483025‑M1/126‑1 (MQ=255) tgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAtt < 2:819493‑M1/126‑1 (MQ=255) gataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCCCCAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAttt < 2:76502‑M1/127‑1 (MQ=255) taatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGAATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTa < 1:108960‑M1/129‑1 (MQ=255) ggTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaa > 1:340399/1‑141 (MQ=255) cAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaacaaa > 1:391692/1‑141 (MQ=255) cAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaaaa > 1:64061/1‑141 (MQ=255) aGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAATAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaaaaaa > 1:1004567/1‑141 (MQ=255) gTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTGTCGAATTTTAAACAAAAAAAt > 1:561160/1‑141 (MQ=255) aTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAt > 1:1048767‑M1/2‑141 (MQ=255) TTATTCCTGCTAAACAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTTAAAATAAAAAAGCGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAatg < 2:756776‑M1/141‑2 (MQ=255) | AAGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAATA > CP000730/895645‑895925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |