Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,373,506 | A→T | 30.0% | N90K (AAT→AAA) | USA300HOU_2234 ← | NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,373,506 | 0 | A | T | 30.0% | 81.5 / 48.0 | 63 | N90K (AAT→AAA) | USA300HOU_2234 | NCS2 family nucleobase:cation symporter‑2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/24); new base T (11/8); total (31/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.96e-01 |
GCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAAC > CP000730/2373375‑2373646 | gCATTAATAATAACTTCCCTAAAAAGTCTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATccc > 2:760554/1‑141 (MQ=255) aaataaCTGCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTg < 1:387546/140‑1 (MQ=255) ataaCTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATATATCCACTTGTTAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGt < 1:573626/141‑1 (MQ=255) ataaCTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGt < 2:604687/141‑1 (MQ=255) ataaCCTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGt < 1:313598/141‑1 (MQ=255) taaCTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTg > 2:216651/1‑141 (MQ=255) aaCTTCCCTAAACCATGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGc > 2:536484/1‑141 (MQ=255) cTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGACTGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCa > 1:264708/1‑141 (MQ=255) aaaCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAAt > 2:749874/1‑141 (MQ=255) aaCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCCACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAAtt > 1:139207/1‑141 (MQ=255) aCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTg < 1:312737/141‑1 (MQ=255) aCCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTg > 2:15338/1‑141 (MQ=255) cccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTCCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTgc < 2:694480/141‑2 (MQ=255) ccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGa < 1:9846/141‑1 (MQ=255) ccTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATACTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGa < 2:217618/141‑1 (MQ=255) gACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGagcttt > 1:487912/1‑136 (MQ=255) aCGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTa > 2:670072/1‑141 (MQ=255) aCGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAAATTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACAAAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTggcgacgga > 2:118795/1‑134 (MQ=255) cGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAg > 2:349437/1‑141 (MQ=255) gTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCt < 1:544438/141‑1 (MQ=255) aaTATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCGAA‑CGAAATTGGATATTTAGCTAtt > 2:750108/1‑141 (MQ=255) tatCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAg < 1:36666/141‑1 (MQ=255) tatCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAg < 2:785624/141‑1 (MQ=255) aaGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATg < 1:642526/141‑1 (MQ=255) gAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGaa > 1:277289/1‑141 (MQ=255) taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTGGCCCCATGAATAGCg > 1:123969/1‑141 (MQ=255) taCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCg > 1:123915/1‑141 (MQ=255) tGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGcc < 1:503784/141‑1 (MQ=255) tGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGcc < 1:443516/141‑1 (MQ=255) tGACAATACAACGGCTTGTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCTCTTGTTACCACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATTCCTGTTGCTAA‑CTCAATTGGATATTTAGCTATTATCCCCATGAATAGCGAGcc < 2:141350/141‑1 (MQ=255) gagaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCt < 1:270242/141‑1 (MQ=255) agaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTa < 2:282114/141‑1 (MQ=255) gaATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTAc > 2:188293/1‑141 (MQ=255) aTAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACaa < 2:85842/141‑1 (MQ=255) cTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTa < 1:135593/141‑1 (MQ=255) tGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTaa < 1:475659/141‑1 (MQ=255) gTTATACCAACTTGCAAAGGAATACCCATGGTTAACACCACAGTAACTGCAAAGAATGCATTCAATCCCATACCTGATGCCAA‑CGCAATTGGATGTTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTCCAAATGCTGCCAAt > 2:220159/1‑141 (MQ=255) cTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGACTACAAGTTCTGCTAATGCAGTCGCTa > 1:212707/1‑141 (MQ=255) tGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCAATGAATAGCGAGCCTACAAATGGTGCTAATGCAGTCGCGACa > 2:551581/1‑141 (MQ=255) gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACaa > 2:711031/1‑141 (MQ=255) gCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACaa > 1:285384/1‑141 (MQ=255) attcccATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCa < 1:743743/138‑1 (MQ=255) aTACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCa < 1:412127/141‑1 (MQ=255) aTGGTTAACACAACAGTAAATGTAAAGAAGGCATTTAATCCC‑TACTTTGTACCAAGCTCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTgg < 1:771188/141‑1 (MQ=255) aTGGTTAACACAACAGTAAACGCAAACAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTgg < 1:457185/141‑1 (MQ=255) tGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGt < 1:760554/141‑1 (MQ=255) ggTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATACCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTc < 1:223000/141‑1 (MQ=255) tAACACAACAGTAAATGCAATGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAt < 1:15338/141‑1 (MQ=255) tAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCTTTTTATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAt > 1:219931/1‑141 (MQ=255) tAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAt > 2:129882/1‑141 (MQ=255) acacAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt > 2:11382/1‑141 (MQ=255) acacAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCCACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAttt > 2:671824/1‑141 (MQ=255) aacaGTAAATGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCAGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCat > 2:404544/1‑141 (MQ=255) tAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtctt < 1:418058/141‑1 (MQ=255) aaaaTGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtctt < 2:568526/140‑1 (MQ=255) aaaTGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCACCATGAATAGCGAGCCTACAAACGCTGCGAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTACATTCTCATAtcttc > 2:278243/1‑141 (MQ=255) aaaTGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtcttc > 1:677173/1‑141 (MQ=255) caTGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATGTTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTACTATTTCAGTCGCTACAAACATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtgttct < 2:479737/140‑1 (MQ=255) aaTGCAAAGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATAtcttct > 1:629449/1‑141 (MQ=255) tGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTCGCTATTAGCCACATGAATAGCGAGCCTACCAATGCTGCTAATGCAGTCGCTGCAGAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATATTCTGa > 1:194294/1‑141 (MQ=255) aGAATGCTTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc > 1:517771/1‑141 (MQ=255) aGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGc < 1:87968/141‑1 (MQ=255) gCATCTAATCCAAGACCTCGTGCAAA‑CGCAATTAGATATTTAGCTATTAGCCCCAGGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCATCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTa < 1:430065/141‑1 (MQ=255) aTTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTCAAAAAATGGCACCTTGGCCCATTTTAATACCTTCTCATaaccatataac > 2:312481/1‑131 (MQ=255) | GCATTAATAATAACTTCCCTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAA‑CGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAAC > CP000730/2373375‑2373646 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |