| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,716,758 | C→T | 10.8% | E77K (GAA→AAA) | USA300HOU_1609 ← | possible allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,716,758 | 0 | C | T | 10.8% | 182.3 / 3.0 | 73 | E77K (GAA→AAA) | USA300HOU_1609 | possible allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/35); new base T (7/2); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTATGTTTTTCAATAACTTGCTCAACAGTTATTCGATTATGCTTTGCTACTTCTTCAATATCTGGTCCATATGTACCACCATATTGAACAGGTATTTTAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAATATCTTGAATTTCTAATATTTCTTTTTCTCGTATCCACCGTAC > CP000730/1716618‑1716896 | tGTATGTTTTTCAATAACTTGCTCAACAGTTATTCGATTATGCTTTGCTACTTCTTCAATATCTGGTCCATATGTACCACCATATTGAACAGGTATTTTAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTc > 1:462401/1‑141 (MQ=255)tGTATGTTTTTCAATAACTTGCTCAACAGATATTCGATTATGCTTTGCTACTTCTTCAATATCTGGTCCATATGTACCACCATATTGAACAGGTATTTTAATAATACGATAGGTTTGTTTCACAGCATGAACAATTTTTTc > 2:595118/1‑141 (MQ=255) gTATGTTTTTCAATAACTTGCTCAACAGTTATTCGATTATGCTTTGCTACTTCTTCAATATCTGGTCCATATGTACCACCATATTGAACAGGTATTTTAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCa > 1:785134/1‑141 (MQ=255) tATGTTTTTCAATAACTTGCTCAACAGTTATTCGATTATGCTTTGCTACTTCTTCAATATCTGGTCCATATGTACCACCATATTGAACAGGTATTTTAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCAt > 2:342228/1‑141 (MQ=255) 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2:48154/1‑141 (MQ=255) ttttAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACaa > 1:445016/1‑141 (MQ=255) ttttAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACaa > 1:281974/1‑141 (MQ=255) ttttAATAATACGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACaa > 1:388768/1‑141 (MQ=255) taagtagtcGATTGGTTTGATTCACATCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAatat < 2:335862/133‑1 (MQ=255) taCGATTGGTTTGATTCACAGCATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGTTACGAAGGGACAATATCTTGaa > 2:470081/1‑141 (MQ=255) 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1:624964/141‑1 (MQ=255) ttataccATGAACATTTTTTTTATTGAATTTGTTAAGTTCTCAATTCTCCATTAATTTCGAAGATGTTATAGCTTGTCCTCTAAAATATATTAGGACTGCTCGATACGAAGGGACAATATCTTGAATTTCTAAtctttctt < 2:400287/135‑1 (MQ=255) cATGAACATTTTTTTCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAATATCTTGAATTTCTAATATTTCTTTTtctc < 1:137341/141‑1 (MQ=255) cttttttttCATTAAATTTGTTAAGTTCTATATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAATCTATTCTATTTCTAATATTTTTTTTTCTCGTATcc < 2:328500/139‑1 (MQ=255) tttttgtCCTTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAATATCTTGAATTTCTAATACTTCTTTTTCTCGTATCCAc < 1:192332/141‑1 (MQ=255) tttCATTAAATTTGTTAAGTTCTAAATTTTCAATTAATTTAGAAGATGTTATAGCTTGTTCATCAAAATATATTAGAACTGCTCGATACGAAGGGACAATATCTTGAATTTCTAATATTTCTTTTTCTCGTATCCACCGTa > 1:582178/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |