| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 982,331 | T→C | 5.5% | D67D (GAT→GAC) | USA300HOU_0938 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 982,331 | 0 | T | C | 5.5% | 207.6 / 3.9 | 73 | D67D (GAT→GAC) | USA300HOU_0938 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/28); new base C (2/2); total (43/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
CCGTTTTTATTAATTTACTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATTAGGGTTAAGTTACTCAATGATGGCGGGTGTTGATACCGC > CP000730/982194‑982471 | ccGTTTTTATTAATTTACTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCt < 1:561260/141‑1 (MQ=255) ttttATTAATTTACTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATAAAATTAGAAATATTAATGGCGTCGTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATAAAAAGAAAAATGTTTTAAAATTTGTAACTAACAAAATACtcata > 1:441506/1‑141 (MQ=255) attaATTTACTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAAtt < 1:682867/141‑1 (MQ=255) ttaATTTACTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGACTCTAATAAATTa > 1:684896/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTa < 1:326751/141‑1 (MQ=255) cTTTTTGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAg > 2:232668/1‑141 (MQ=255) ttGATTCAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGaa > 2:627491/1‑141 (MQ=255) cAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTc > 2:145534/1‑141 (MQ=255) cAAGGTTATTCCATAATACAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTATCTATACAAAGAGAAGTGGTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTc > 2:280411/1‑141 (MQ=255) aaGGTTATTCCATAATACACTTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTACCTTAAAATATTGTAATAAATTAGATGTTATTGGAATAATCa > 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(MQ=255) ataataCAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGt > 1:779335/1‑141 (MQ=255) aataCAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGttt < 1:103654/141‑1 (MQ=255) cAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAGTAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTAttg > 1:736634/1‑141 (MQ=255) cAATTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTAttg > 1:560780/1‑141 (MQ=255) aTTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTAttgtt < 1:481209/141‑1 (MQ=255) aTTAGAAATATTAATGGCGTCTTATGGCATTGCAGCATTTTTATTCTCTCTATACAAAGAGAAGTGTTTTAAAATTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTAttgtt > 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1:620349/1‑141 (MQ=255) aaaTTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGGATAATATTCAAAACCATCGGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATTAGGGTTAAGTTACTCAatga < 1:339999/141‑1 (MQ=255) aaTTTGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTCACTGAAAGATTCAAAATCATCGGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATCAGGGTTAAGTTACTCAatgat < 1:410067/141‑1 (MQ=255) ttGTGACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATTAGGGTTAAGTTACTCAATGATGGc > 1:556809/1‑141 (MQ=255) tGTAACTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGTTAGTGAAATATTCAAAATCATCGGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATTAGGGTTAAGTTACTCAATGATGGCg > 1:675397/1‑141 (MQ=255) aaCTTAAAAGATTCTAATAAATTAGTTGGTAGTGAAATATTCAAAATCATCTGTTTATTGTTGTTATTATATCAAAATCAATATTTAATTTTAGTAGTGGCACAAATATTATTAGGGTTAAGTTACTCAATGATGGCGGgt < 1:167686/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |