| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 667,603 | G→A | 8.6% | intergenic (+635/‑413) | USA300HOU_0609 → / → adh | phosphohydrolase/alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 667,603 | 0 | G | A | 8.6% | 215.4 / 8.3 | 81 | intergenic (+635/‑413) | USA300HOU_0609/adh | phosphohydrolase/alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/49); new base A (4/3); total (29/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
ATGAAGGTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTATAATAAGAGTGAAG > CP000730/667465‑667743 | atgaAGGTATGTAGAAGCATTTCAAAGAAGCTTTACAGCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATACATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTc < 2:790796/141‑1 (MQ=255) aGGAATGAGGAAGCATTCATCTTATGCTTTACATCAAGCAGTTAATAAACAATCATTAACCAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAg < 1:218800/141‑1 (MQ=255) ggTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAga < 1:117564/141‑1 (MQ=255) ggTATGTGGAAGCATTCTTCTGATGCTTTACATCAAGCATTTAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGCCTTAga < 1:117553/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAaattaaatta < 2:52061/141‑1 (MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAaattaaatta < 1:33905/141‑1 (MQ=255) tttAATTAAATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGACTGATTGGGAGTTTTTTTATTTGTTTTGAaattaaatta < 1:440614/141‑1 (MQ=255) aattcaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATCAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCACTGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATc < 1:264836/141‑1 (MQ=255) attaaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCt > 2:678452/1‑141 (MQ=255) attaaATATTAGAAACTAAAATTTCCCAATTAATCTATAAAGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTAAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCt > 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2:771521/141‑1 (MQ=255) aaGATATGATTAATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACAttttttt < 1:46582/141‑1 (MQ=255) aaGATAGTATTCATGTCGCAAGGACGACGGAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATGTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACAttttttt < 2:2292/141‑1 (MQ=255) aGATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAGTTAATCTGTAGTTAATAAAAATTTTGAATAACTGACACAtttttttt > 2:716524/1‑140 (MQ=255) gATATGATTCATTTCTCAATGACTACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGa < 2:578918/141‑1 (MQ=255) gATATGATTCATTTCTCAATGACGACGTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGa < 1:490934/141‑1 (MQ=255) 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2:640339/1‑128 (MQ=255) cgTAAATCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGaatta > 1:13674/1‑141 (MQ=255) tAAATCGTGAGGTGAAAATAATATCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTGATAAAGAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGaattaat > 1:573474/1‑141 (MQ=255) aaTCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATCATAGCTATATACTTTGTGAATTAATTc < 1:215938/141‑1 (MQ=255) aaTCGTGAGGTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAAATGACACGTTTTTTTGGTCATAGTTATATACTTtgaacactaatta > 2:160849/1‑130 (MQ=255) gTGAAAATAATGTCTTAGATTGATTGGGAGTTTTTTTAATTTTTTTGAAATTAAATTAATCTGTAGTTAATAAAAAATTTGAATAACTGACACATTTTTTTGATTTTTTCTATATACTTTGTGAATTAATTCACATTataa > 2:6094/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |