Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 39.5% | 131.7 / 91.4 | 108 | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/30); new base T (12/31); total (47/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.99e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTT > CP000730/35712‑35981 | cATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCa > 2:710398/1‑141 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCAc > 1:328275/1‑141 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCAc > 1:322350/1‑141 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTAGTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACt < 2:306001/141‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |