BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	28.8%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	28.8%	991.0 / inf	779	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (264/286); new base T (105/120); total (372/407)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 786 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248

 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCGTTAATGACt                                                                                                                                  >  2:5337/1‑141 (MQ=255)

 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATCGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                  <  1:592935/141‑1 (MQ=255)

   tAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAGTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTTGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACttt                                                                                                                                >  1:694833/1‑141 (MQ=255)

   tAAAGTATGCTTTGCTATATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACttt                                                                                                                                <  2:477837/141‑1 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                                               <  2:466072/141‑1 (MQ=255)

       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaacc                                                                                                                            <  1:639993/141‑4 (MQ=255)

       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                                            >  1:279236/1‑141 (MQ=255)

       gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCGTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                            <  2:637175/141‑1 (MQ=255)

        tATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCa                                                                                                                           >  1:685021/1‑141 (MQ=255)

        tATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCa                                                                                                                           >  2:585350/1‑141 (MQ=255)

            ttttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                       <  1:368798/140‑1 (MQ=255)

              ttGCTGAATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGATa                                                                                                                     >  2:436237/1‑141 (MQ=255)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATGTGGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   >  2:407129/1‑141 (MQ=255)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   <  1:132463/141‑1 (MQ=255)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   >  1:551593/1‑141 (MQ=255)

                 ccgTATTGATACTTAGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATATCGATGTACAATGACAGTCACGTTTAAGTTTAAAACCTTTACTTATTTTAGCCCTTGccgcct                                                                                                                  >  2:540564/3‑136 (MQ=14)

                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                                               <  2:322063/141‑1 (MQ=255)

                     ttggctACGTTGATACCCTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                              <  2:301629/136‑1 (MQ=11)

                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGCTGTACACTGGCTGTCCGGTTCAAGTTTAAAAGCTGTAATTACTTGAACCATTGCTACCTCAGTTg                                                                                                            >  2:657062/1‑141 (MQ=14)

                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                           >  1:650916/1‑141 (MQ=255)

                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                        <  1:290478/141‑1 (MQ=255)

                             tttgattctgttgcttttttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                      <  1:53368/128‑1 (MQ=11)

                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                     <  2:453428/141‑1 (MQ=255)

                              tggatattttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGCTGc                                                                                                     <  1:566621/133‑1 (MQ=11)

                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   >  1:77015/1‑141 (MQ=255)

                                gATACCTTGGCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   <  1:303701/141‑1 (MQ=255)

                                 atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                  >  1:501046/5‑141 (MQ=255)

                                 atatcTTGTCTTTCTTACTTAAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                  >  1:480192/5‑141 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCTGGTTCATGGGTTAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                  >  1:219693/1‑141 (MQ=11)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                  >  2:337717/1‑141 (MQ=255)

                                   atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                <  1:606386/139‑1 (MQ=255)

                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                              <  1:340787/141‑1 (MQ=255)

                                      ttGCCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                             <  1:148363/141‑1 (MQ=255)

                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                            <  1:464475/141‑1 (MQ=255)

                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                            <  1:315828/141‑1 (MQ=255)

                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTAGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                         >  2:480206/1‑141 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                    <  2:243828/141‑1 (MQ=255)

                                                tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtt                                                                                   <  2:231478/141‑1 (MQ=255)

                                                tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                   <  2:578142/141‑1 (MQ=255)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                  <  1:39929/141‑1 (MQ=255)

                                                   ttgaaTATGACGGTGTTCGTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg                                                                                <  2:707520/138‑1 (MQ=11)

                                                   tctAATATGACGGTGATCTCACTCAATGAAGCTATTCAAAAATCTCAATGTACAAAGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAACGTGCCTGATCTGTAATTACCtttcg                                                                                <  2:613073/139‑3 (MQ=11)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                               >  1:90389/1‑141 (MQ=255)

                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                                              <  1:33236/141‑1 (MQ=35)

                                                      aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                             >  2:362924/1‑141 (MQ=255)

                                                       atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                                            <  2:719346/141‑1 (MQ=25)

                                                           gccgggtaTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                        <  1:255557/134‑1 (MQ=17)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCATATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                        <  1:263399/141‑1 (MQ=255)

                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                        <  2:508711/141‑1 (MQ=11)

                                                             cggggacctggtccAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                      <  1:414711/128‑1 (MQ=11)

                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCa                                                                      <  1:621442/141‑1 (MQ=11)

                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                     <  2:148482/141‑1 (MQ=33)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                    <  1:175082/141‑1 (MQ=12)

                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                    >  1:520417/1‑141 (MQ=17)

                                                               gTGATCTTGCTCAAAGAGGATATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                    >  1:514355/1‑141 (MQ=255)

                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                  >  1:201163/1‑141 (MQ=255)

                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTattaagtt                                                                  >  1:159870/1‑134 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTGGTTGACGGGGCCTGGTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAAATTGt                                                                >  2:83179/1‑141 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                <  1:425639/141‑1 (MQ=17)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                >  2:288218/1‑141 (MQ=12)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTGAACGCTTTAATTACTTTACCCATTACTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAACTTGttt                                                              >  2:674265/1‑141 (MQ=11)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                           >  2:257855/1‑141 (MQ=12)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                         <  2:76046/141‑1 (MQ=11)

                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATtaga                                                       >  1:100012/1‑141 (MQ=12)

                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                       >  2:128868/1‑141 (MQ=17)

                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                      >  2:158417/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGATTTCACGGCTAGTGGATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                     <  1:739405/141‑1 (MQ=11)

                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                    <  1:235281/141‑1 (MQ=32)

                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATATTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAGGtt                                                   >  1:117924/1‑141 (MQ=11)

                                                                                gattATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCTTTTGACGTTTACCGAATTGTTTAATGAGACGtt                                                   >  2:35404/3‑141 (MQ=11)

                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                  <  2:621034/141‑1 (MQ=17)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                 <  2:494899/141‑1 (MQ=17)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                 <  2:687294/141‑1 (MQ=32)

                                                                                    aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTAATTACTTTTTTTAATGAGACGTTTGAt                                               >  2:391012/1‑141 (MQ=11)

                                                                                    aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAGAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                               >  2:423008/1‑141 (MQ=12)

                                                                                    aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                               >  2:601708/1‑141 (MQ=12)

                                                                                    aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTACAACCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                               >  1:541957/1‑141 (MQ=12)

                                                                                      tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                             >  2:184187/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       catataaTTCGATGTACAACGACAGTCAGGTTTAAGTTCAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                            <  2:27881/138‑1 (MQ=255)

                                                                                       cAGATATTTCGATGTACACTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTCATGAGACGTTTCATaaa                                            >  2:376957/1‑141 (MQ=11)

                                                                                         gATCTTCCGATGTACACTGGCAGTCAGGTTGAAGTTTAAAAGCTTTAATCACTTTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTCATGAGACGTTTGATAAACg                                          <  2:26848/141‑1 (MQ=11)

                                                                                         gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                          <  1:44833/141‑1 (MQ=11)

                                                                                         gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                          <  2:774452/141‑1 (MQ=11)

                                                                                             tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                      <  2:172001/141‑1 (MQ=17)

                                                                                             tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTCAAGTCTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAGTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                      >  2:521904/1‑141 (MQ=11)

                                                                                              ttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                     <  1:786417/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                   <  1:357935/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                  >  1:748877/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                  >  2:312371/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCAGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACATTTGATAAACGCATATGCt                                  >  2:564829/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                   tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                >  1:761068/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                   gggaCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                <  2:220462/138‑1 (MQ=11)

                                                                                                      tcAATGAGATTCCGGTTGTAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTATCCACTGCTGCCTTCGGTGAAGGTGCCTGATCTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                             <  2:12140/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTTATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTGCCAAATTGTTTAATGAGTCGTTGGATAAACGCGTATGCTGAATg                             >  1:630/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                      aCAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                             <  2:108703/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                       ccaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                            <  2:738601/139‑1 (MQ=11)

                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGACTTCATCACCTAAGCCAATGCTACCTTCGTTGAAGGTGCACGATTTGTAATGATCTCTCGTTAATTACCAAAGTGTTTAATGAGACGTTCGATAAACGCATATGGTGAATGAtt                          <  1:577177/141‑1 (MQ=2)

                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                          <  1:723757/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                          tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                         <  2:198589/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  agttttaagtttaaAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTg                 <  1:667402/138‑1 (MQ=1)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`