| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,797,361 | T→C | 6.1% | S503S (TCT→TCC) | USA300HOU_2644 → | possible N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,797,361 | 0 | T | C | 6.1% | 193.8 / 3.7 | 73 | S503S (TCT→TCC) | USA300HOU_2644 | possible N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/33); new base C (3/2); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
AGAAATTAAACAGTATTATTAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCGTGATTATC > CP000730/2797222‑2797494 | aGAAATTACACAGTATTATTACACACTATCAATTAACTCAGTTGGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTg < 2:741394/141‑1 (MQ=255) aaaCGGAATGATTAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTTTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAACCCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTAt < 2:676371/141‑1 (MQ=255) aaaCAGTATTATTAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTAt > 2:348890/1‑141 (MQ=255) aaCAGTATTATTAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGTATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATg < 1:701302/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) attattAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCatat < 2:157163/141‑1 (MQ=255) attattAAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATAACTCATCACATGAATTCATACCTTGCCTTGAGGTATCTGATAGTATGCCatat < 1:112401/141‑1 (MQ=255) attaAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCca > 2:778239/1‑141 (MQ=255) taAACACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCcaca < 1:623039/141‑1 (MQ=255) aaaCACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACAt > 1:463858/1‑141 (MQ=255) aaaCACTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACAt < 1:641210/141‑1 (MQ=255) acacTATCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCCTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATgg < 1:700832/141‑1 (MQ=255) aTCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAAt > 1:542530/1‑141 (MQ=255) aTCAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAAt > 2:238007/1‑141 (MQ=255) cAATTAACTCAGTTTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGt < 1:673904/141‑1 (MQ=255) cAATTAACTCAGATTGACGATGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCCCATGGCCAATGt > 1:409176/1‑141 (MQ=255) 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1:299737/1‑141 (MQ=255) tGAACGCATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCCGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCg > 2:100141/1‑141 (MQ=255) gAACGCATGACAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTGCGTCTATAACCGt > 2:507770/1‑141 (MQ=255) cATGCCAGATTTAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGaa < 2:789874/141‑1 (MQ=255) agCCAGATTCAGATAAATATGAACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAAc < 1:422089/140‑1 (MQ=255) aaTTTAGATAAATATACACGTTCTATCAAGGATTATGATGATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAAttt < 2:317476/140‑1 (MQ=255) 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2:581144/1‑141 (MQ=255) atgatgATTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCCGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGcac < 1:100141/141‑1 (MQ=255) tgatgaTTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTTAGGTATCTTATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGcaca < 1:209217/141‑1 (MQ=255) tgatgaTTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGcaca < 1:632754/141‑1 (MQ=255) tatgttTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTCGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACAt < 2:255898/140‑1 (MQ=255) gatgatTCATCAGATGAATTCAAACCTTTCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACAt > 1:696427/1‑141 (MQ=255) 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2:587891/1‑141 (MQ=255) tttCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCg < 2:519336/141‑1 (MQ=255) ttCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCGt < 1:348890/141‑1 (MQ=255) ttCCGTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCGt < 2:779100/141‑1 (MQ=255) ccGTGGGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCTCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCGTGa < 2:414496/141‑1 (MQ=255) gTGAGGTATCTGATAGTATGCCATATCCACATGGCCAATGTACTTGGTACGTATATAACCGTATGAAACAATTTGGTACATCTATCCCAGGTGATTTAGGTGATGCACATAATTGGAATAATCGAGCTCAATACCGTGAtt > 2:628511/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |