New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	895785 =	82 (1.170)	5 (0.080)	4/226	NT	7.0%	coding (806/822 nt)	USA300HOU_0849	ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
	?	CP000730	= 909740	61 (1.000)					intergenic (‑663/‑371)	ear/USA300HOU_0868	Ear protein/hypothetical protein

GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880                                                                                                                                           |                                                                                                                                             gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                            >  1:105567‑M2/1‑139 (MQ=255)  ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttt                                                                                                                                           <  1:400601‑M2/141‑4 (MQ=255)   tgttTTCAAGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat                                                                                                                                          >  2:455032‑M2/1‑137 (MQ=255)      tttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTCTAAATGCATATATACAAATGTTTTGATTGCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGACTAAttattcc                                                                                                                                       >  2:805239‑M2/1‑134 (MQ=255)         cAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGAGAATCTGGCTAAttattcctgc                                                                                                                                    >  1:433247‑M2/1‑131 (MQ=255)          aaGTGCAAAAAAAGTGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                                                   >  2:761656‑M2/1‑130 (MQ=255)           aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  <  2:649999‑M2/141‑13 (MQ=255)            gggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaa                                                                                                                                 >  1:208049‑M2/1‑128 (MQ=255)             ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattgttgctaat                                                                                                                                <  1:305474‑M2/141‑15 (MQ=255)             ggCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaa                                                                                                                                >  2:449284‑M2/1‑127 (MQ=255)                  aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATCAACAATCAAGTTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                           <  1:616456/141‑1 (MQ=255)                   aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          >  2:191178/1‑141 (MQ=255)                     aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCaa                                                                                                                        >  2:627621/1‑140 (MQ=255)                      aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata                                                                                                                       <  2:93356/141‑1 (MQ=255)                          taTAATTTGGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa                                                                                                                   <  1:810776/140‑1 (MQ=255)                          cATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa                                                                                                                   <  1:708315/141‑1 (MQ=255)                                    aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTa                                                                                                         >  1:252381/1‑141 (MQ=255)                                        aaaGGGCAAGGGTATGGATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAANTAANTNCTATTAATGGCTCAGTAAAGt                                                                                                     >  1:499122/1‑141 (MQ=255)                                        aaaGGGCAAAGGTATAAATAATAAATTATCTGTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACCTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt                                                                                                     <  2:115385/141‑1 (MQ=255)                                         aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATGTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATAGCTCTAGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGGTGAGTGACGTg                                                                                                    >  2:245555/1‑141 (MQ=255)                                          aGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGATAAATAAATCATATTAATGGCTCAATAACGtta                                                                                                   >  2:513755/1‑139 (MQ=255)                                            ggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaat                                                                                                 <  1:711587‑M2/141‑46 (MQ=255)                                              cAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGtt                                                                                               <  1:247226/141‑1 (MQ=255)                                                  ggTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTg                                                                                           <  2:411831/141‑1 (MQ=255)                                                        aataatAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTACTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCCGTAACATGATGTTGCTGGGCctt                                                                                     >  2:512290/1‑141 (MQ=255) 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                                                                 tATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTaaa                                                                           <  2:491138/141‑1 (MQ=255)                                                                    tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTTATTTAAACa                                                                         <  1:614026/141‑1 (MQ=255)                                                                    tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa                                                                         >  1:679475/1‑141 (MQ=255) 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                                                                      tGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGt                                                                      >  2:96153/1‑141 (MQ=255)                                                                           aaTTTTATCAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt                                                                  <  1:108789/141‑1 (MQ=255)                                                                           aaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt                                                                  <  2:164350/141‑1 (MQ=255)                                                                            aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta                                                                 <  2:692710/141‑1 (MQ=255)                                                                               ttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATGCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTatat                                                              <  1:758314/141‑1 (MQ=255)                                                                                 ataAATTCATATATAACAATCTTGTGACTGCCCTTGAACTTCCTTGATAACCTGGCTAATTAGTCCTGCTAAATAAGTCATATTAATTGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                            <  2:242901/141‑1 (MQ=255)                                                                                 ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTACTTATATGa                                                            >  1:424331/1‑141 (MQ=255)                                                                                   aaaTGCATATATAACAATGTTTTGGCTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGata                                                          <  1:565974/141‑1 (MQ=255)                                                                                    aaTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGatat                                                         <  1:467348/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                                   tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAGTCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt                                         <  2:678862/141‑1 (MQ=255)                                                                                                    tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt                                         <  1:123544/141‑1 (MQ=255)                                                                                                    tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTCATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATCATATTTAGGAATGAGATGCt                                         <  1:508220/141‑1 (MQ=255)                                                                                                     gTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTa                                        <  1:751321/141‑1 (MQ=255)                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  1:672377/1‑141 (MQ=255)                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGATGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  2:486736/1‑141 (MQ=255)                                                                                                         tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaagtaaaaaagggcacaaaaggggcag                                    <  1:650203‑M2/141‑107 (MQ=255)                                                                                                         tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag                                    <  1:333913‑M2/141‑107 (MQ=255)                                                                                                          gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                                   <  1:461221/141‑1 (MQ=255)                                                                                                          gATTGCACTTGAACTTACTTGATAATCTAGCTAATTATGCCTTCTAAATAAATGATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                                   >  1:581569/1‑141 (MQ=255)                                                                                                              gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTCAAAAGGTATTTATATGATATTTAGTGATGAATTGCTATTACGAATa                               >  2:344930/1‑141 (MQ=255)                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGCTaa                              >  2:144265/1‑141 (MQ=255)                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                              <  2:802839/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                             <  2:829159/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATTAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:299810/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:300180/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  1:576579/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                  ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  1:101658/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                  ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  2:305474/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aCTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTaaaa                       <  2:684971/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                       cTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattat                      <  1:412394‑M2/141‑121 (MQ=255)                                                                                                                                tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgc             <  1:486736/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTCATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca            >  1:62904/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                    cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCGTATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTATGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc         <  1:475461/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATGTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTa   >  1:828669/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                           attattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcagaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaaaaaaaaaaa  <  2:451799‑M2/141‑141 (MQ=255)                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTGTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc  <  1:525327/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                           |                                                                                                                                             GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.