| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,858 | T→A | 44.1% | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,858 | 0 | T | A | 44.1% | 96.0 / 95.1 | 86 | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/22); new base A (8/30); total (34/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTA > CP000730/35720‑35988 | aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCAGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:567609/1‑141 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAACATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAGTAATTTAt < 2:570793/141‑1 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAGGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTCAt > 2:735321/1‑141 (MQ=255) tAATGTAGAATTTATCAAGTATAGCGTTGTGTGCTAAAAAGGATTCCTTGAACAAGTCCTAAAATAAAATTGTAATCTAATACCCATATAAGGTTCTAAAAAAAAAAAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTc < 2:313693/141‑1 (MQ=12) 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1:675577/15‑141 (MQ=11) aaatTGTGATCTAATAAAAATAAAAAGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 2:345091/141‑1 (MQ=255) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAAACACTAATATATCATGACAGAGTTCGTTTCACTTGCCAGCATAGTGCTACTTTCGTGGCATGGCGAAAAACGGTAGATCTCAaggg > 2:532023/12‑139 (MQ=2) aatTGGTATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 2:143856/141‑1 (MQ=255) atagtagtttaataaAAAT‑GATTGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAACATATCATGCCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCTTAGATCTGAAGAGAc < 2:488477/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:754523/132‑1 (MQ=11) 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2:672182/134‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:72156/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:185896/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAACCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:94221/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:10339/136‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCGAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:155131/136‑1 (MQ=11) 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(MQ=0) atataaaaaTATAGGCAACCACTATCTTATCATGTATGTGTCCGCTTAACTCTCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTc < 2:142673/137‑1 (MQ=1) agtaacaaaTAAAGCTAATCACTAAGATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACactc < 1:77199/135‑4 (MQ=1) aatcACTAATATATCATGGCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTa < 1:5763/138‑1 (MQ=1) | AAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTA > CP000730/35720‑35988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |