| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,651 | C→T | 15.7% | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 15.7% | 152.3 / 14.8 | 71 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/35); new base T (4/8); total (28/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
TATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTT > CP000730/110517‑110790 | tatCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGat > 2:444125/1‑141 (MQ=255)tatCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGat > 2:759245/1‑141 (MQ=255) tCCGGTTAAAATGGTCGATCCATTTTGCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGatat > 1:769101/1‑141 (MQ=18) tCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGTCGgagctct > 2:575317/1‑137 (MQ=255) 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(MQ=14) tGGTCGATAATAAAATCATTCCAATAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATc > 1:494431/1‑141 (MQ=255) tcaataataAAAACATTCCAACAAAAGACATTAAAGATAAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAAGATTGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGAAGATATATTATATAATCCag < 2:51342/138‑1 (MQ=17) taataaAATCATTCCAACAAAAGAAGTAAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCATTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAAACAGAGATATTTAATATAATCCaaaaaa > 1:394735/1‑136 (MQ=17) ccATTCCAACAAAAAAAATCAAAAAACAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACCTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGtt < 2:599684/140‑1 (MQ=17) aacaaAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGc < 2:147373/141‑1 (MQ=255) gcacaaGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAAACGAAAACTTTCAGTTCTTTATTAAATAAGGGTACTTGAAAAATTAGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATAAAATCAGGAGGTGACGAGGTAttatgtt > 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1:383059/141‑1 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa > 2:758350/1‑141 (MQ=255) aaaaTCTAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTa < 1:390983/140‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 1:140765/1‑141 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTCTTAGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt > 1:575525/1‑141 (MQ=255) cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTAAAAAGACGAAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATGATAATGTAAAACAATTACg > 1:644359/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cGACTTTAAAAATTTGAAAAAGTATAAAGACGTAGATATTTCATATAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCTGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAg < 1:738530/141‑1 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 1:732286/141‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaaa < 2:633037/141‑1 (MQ=11) tAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGc < 2:394735/141‑1 (MQ=255) aagatttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTc > 1:289029/12‑141 (MQ=11) aaaaTTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTc > 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(MQ=255) tgaaTTATAAAGATGGAGCTCTATCATATAATCAAGAGGTGCCGAGGTATTCGGCGAAATTTCAATTAACTAATGAGGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAt > 2:534705/3‑141 (MQ=17) tgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCAAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGAAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTACAAAGTTAt > 2:708309/3‑141 (MQ=14) aaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTTTTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAt < 1:59804/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCAACGAGTAAAGCTCCAAAGGTaaggt > 2:53968/1‑137 (MQ=255) ttATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGtt < 2:289029/141‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAgg < 2:428757/141‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAgg < 1:260646/141‑1 (MQ=255) aGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAgg < 2:33456/141‑1 (MQ=255) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTAATTCGGCTAAATATCAATTAATTAATGCTGATAAAAAGGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGATCCAAAGTTATTGTTAAAAGGt > 1:534965/1‑141 (MQ=18) aCGGAGATATTTCATATAATCCAGCGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGtt < 2:179290/141‑1 (MQ=255) | TATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTT > CP000730/110517‑110790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |