| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 849,986 | G→T | 100% | E68D (GAG→GAT) | USA300HOU_0795 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 849,986 | 0 | G | T | 96.3% | 71.4 / ‑3.0 | 27 | E68D (GAG→GAT) | USA300HOU_0795 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (13/13); total (13/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCCAATTGATATTACGGCGATTGTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGAGTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATGCCATTAAAGCATTAAGT > CP000730/849857‑850118 | cccAATTGATATTACGGCGATTGTAACAGTTGCTGGTAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAg > 1:243561/1‑141 (MQ=255) ccAATTGATATTACGGCGATTGTAACACTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGc > 1:301871/1‑141 (MQ=255) ttGATATTACGGCGATTGTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAGGCCAAc > 1:106151/1‑141 (MQ=255) ttGTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCt > 1:83681/1‑141 (MQ=255) ttGTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAATATCGCt > 1:83818/1‑141 (MQ=255) gTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACAGCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCttt > 1:316576/1‑141 (MQ=255) ccggtGCTGATAATGGTTGGAGTACAGGCAAAATCAGAGATGAAAGGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTgaag < 1:292731/137‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTgaag < 1:112880/141‑1 (MQ=255) tGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTCTTCAGTATCGCTTTAGAGAAAATCa > 2:16164/1‑141 (MQ=255) gAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAgg > 1:49160/1‑141 (MQ=255) ggaTGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATttatt < 2:329339/140‑1 (MQ=255) agaTGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATttatt < 2:329327/141‑1 (MQ=255) gaTGAAATGGATATACCAGCACCACGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATttatta < 1:247840/141‑1 (MQ=255) aTGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCa > 1:116958/1‑141 (MQ=255) cAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGAGTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTa < 2:171711/141‑1 (MQ=255) ggAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACg < 1:297989/141‑1 (MQ=255) ggAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACg < 1:120435/141‑1 (MQ=255) gagaCATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGa < 1:27615/141‑1 (MQ=255) gagaCATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGa > 2:35115/1‑141 (MQ=255) agaCATCAGAAAAGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGCTTCAGTTTTAAGCCCACTTTTTCAGTCTCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGaa < 2:93404/141‑1 (MQ=255) gaCATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAAt < 1:35115/141‑1 (MQ=255) tgATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATg > 1:184634/1‑141 (MQ=255) taTTGCAGCTTTAAGTCATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATGc < 2:134881/140‑1 (MQ=255) gaGCTTTAAGTGATTCTTATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGCATCGCTTTGAACAAAATCAAATTAGCCGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGAATAAAATTACGAATGATTTCGGACATGCCATTa < 2:3014/140‑1 (MQ=255) gCTTTAAGTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATGCGATTaaa > 1:53983/1‑141 (MQ=255) gTGATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTACTATTACGAATGATTTCGGACATGCCATTAAAGCATTaa > 1:106200/1‑141 (MQ=255) gATTCTGATTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATGCCATTAAAGCATTAAGt < 2:328855/141‑1 (MQ=255) | CCCAATTGATATTACGGCGATTGTAACAGTTGCTGATAATGGTGGGAGTACAGGGAAAATCAGAGATGAAATGGATATACCAGCACCAGGAGACATCAGAAATGTGATTGCAGCTTTAAGTGATTCTGAGTCAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTATCGCTTTGAAGAAAATCAAATTAGCGGTCACTCATTAGGTAATTTATTAATCGCAGGTATGACTAATATTACGAATGATTTCGGACATGCCATTAAAGCATTAAGT > CP000730/849857‑850118 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |