| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2085309 | 13 (0.420) | 6 (0.220) | 6/230 | NT | 27.5% | intergenic (‑571/‑387) | mapW2/USA300HOU_1944 | cell surface protein MapW2/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2128358 = | 20 (0.730) | intergenic (+72/+1047) | int/USA300HOU_2011 | bacteriophage integrase/possible leukocidin subunit | |||||
ATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCTTATCAAA > CP000730/2128222‑2128496 | aTTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGc < 1:331930/140‑1 (MQ=255) gtaccaaatttattagtagttggtgtgcttactgacactagtgccaaagccgaatctaagaaagatgatactgatttgaagttagttagtcataacgtttatatgttatcgaccgttttgtatccaaactggGGGCAata < 2:81047‑M2/8‑1 (MQ=255) ttAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAatat > 1:179699/1‑140 (MQ=255) aagaaAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAAc < 2:311541/140‑1 (MQ=255) aagaaAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAAc < 1:340341/140‑1 (MQ=255) aaaTTTAATGAAGATGACAAAAAAACAACTAAAATCTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAACCCCAATAAATCCTGTTGTTACAAGTGTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCt < 1:209981/140‑1 (MQ=255) ttAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGAtt > 1:284348/1‑140 (MQ=255) ttAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCAATGTATCAAAACTGGGGACAATATAAACGCGCTGAtt > 1:132416/1‑140 (MQ=255) aaGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCg < 1:128925/140‑1 (MQ=255) agagGACAAAAAAACAACTAAAATTTTTGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCTTTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCgg < 1:319343/140‑1 (MQ=255) agagGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCgg < 2:48527/140‑1 (MQ=255) gACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACaa < 2:330245/140‑1 (MQ=255) cttactgacaatagtgacaaagccgaatctaagaaagatgatactgatttgaagttagttagtcataacgtttatatgttatcgaccgttttgtatccaaactggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAAtc < 2:44665‑M2/35‑1 (MQ=255) atagtgccaaagccgaatctaagaaagatgatactgatttgaagatagttagtcataacgtttatatgtgatcgaccgttttgtatacaaactggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGAAAAACTACTTGTAtt > 2:34939‑M2/96‑140 (MQ=255) aGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAAGATAAACGCGCTGAGTGAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAatga > 1:119170/1‑140 (MQ=255) tAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAata < 1:147990/140‑1 (MQ=255) ggACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATCATGATGTCGTAATATTTCATGa > 1:335449/1‑140 (MQ=255) gatactgatttgaagttagttagtcataacgtttatatgttatcgaccgttttgtatccacactggGGGCAATATAAACGCGCGGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGa > 2:310326‑M2/67‑140 (MQ=255) gACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGaa > 2:85811/1‑140 (MQ=255) cggatttgtagttagttagtcataacgtttatattttatcgaccgtgttgtatccaaactggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCa < 1:118490‑M2/78‑1 (MQ=255) aCTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAAt > 1:220222/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gcgaTGTATCCAAAGTGGGGGCAACATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCGTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGaaaaa < 2:284348/137‑1 (MQ=255) cTATGTATCCAAACGGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTAATAATAGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTTaaaaaa > 2:16983/1‑140 (MQ=255) aTGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATAATGAGCTAAAATGCAATGAAGCATTTGATCATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAGAAAAGa > 1:169471/1‑140 (MQ=255) tatccaaactggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAACATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATAAGACAAATTAATAATTAATGTGAAAAAAGAata > 1:298356‑M2/13‑140 (MQ=255) caaactggGGGCAATATAAACGCGCTAATTTAATCGGACAAACTACTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCt < 1:67993‑M2/132‑1 (MQ=255) aactggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTCTTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCTTa > 2:329639‑M2/7‑140 (MQ=255) ggGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCTTATCaa < 1:16990‑M2/138‑1 (MQ=255) gGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCTTATCaaa > 1:233364‑M2/2‑140 (MQ=255) | ATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAATATCCTTATCAAA > CP000730/2128222‑2128496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |