| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | USA300HOU_1679 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 47.7 / NA | 16 | R7G (CGC→GGC) | USA300HOU_1679 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (7/9); total (7/9) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCA > CP000730/1797636‑1797901 | taaataTATGATCTTGCATCTGTTTCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtg < 1:47489/140‑1 (MQ=255)taaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtg > 1:231858/1‑140 (MQ=255) tatGATCTTTCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGaaa < 1:248994/140‑1 (MQ=255) tatGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGaaa < 1:45689/140‑1 (MQ=255) atGATTTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAAc < 1:18077/140‑1 (MQ=255) gCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTcatcat > 1:120125/1‑140 (MQ=255) tCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGt < 1:75342/140‑1 (MQ=255) agagCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGt < 1:141785/140‑1 (MQ=255) agCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCt < 2:231858/140‑1 (MQ=255) tGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATACTAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGCTGAAACTTCATCATTCTTCTTTAGGTCTTTcc > 2:275735/1‑140 (MQ=255) aTAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTATTCTACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTATGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGc > 1:20184/1‑140 (MQ=255) tGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAATCTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTCTAGCCTAACCCACGCACAGTTTtaa < 1:145546/140‑1 (MQ=255) aGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAg > 2:107400/1‑140 (MQ=255) cGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCAAGCACAGTTTTAATAAGtt > 1:57241/1‑140 (MQ=255) aatGCCTAATGAAACAAAACTGATAATTAATATACTACTTATCAATAACATTAAGCCGTAGTTAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGTCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGcttctt < 2:256234/140‑1 (MQ=255) tGCTTATCATGAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCATTCGGGGCTTACAATTTATCGTCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTTTGGCGGCTTAGGATTATCTACTAATTTATCTCTTAAATGACTGa > 1:212652/1‑140 (MQ=255) tAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAGGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGAATATCTTCTAATTTATCTCTTAAATAACTGATATGTACATc > 1:257261/1‑140 (MQ=255) aaCATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATca < 2:227848/140‑1 (MQ=255) | TAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCA > CP000730/1797636‑1797901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |