| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 790,778 | G→A | 100% | intergenic (+277/‑197) | USA300HOU_0741 → / → USA300HOU_0742 | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 790,778 | 0 | G | A | 100.0% | 60.7 / NA | 22 | intergenic (+277/‑197) | USA300HOU_0741/USA300HOU_0742 | possible allophanate hydrolase subunit 2/possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (11/11); total (11/11) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTA > CP000730/790660‑790899 | aaTTACTCTATATTTATGAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTaaa < 1:131476/140‑1 (MQ=255) atttattAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAAGAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGaa > 1:196514/1‑140 (MQ=255) tattaATTGATCTATGATTAGTAGTACAATGGTATTACAATTTTTCAATCAGCTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGc < 1:66170/140‑1 (MQ=255) taATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAACTTTGTTAATGGAATAATACTATTAAATAAAGAAACTTACACAAACAAATACGCATTATAGCCCAAAATACTTGTTAAAACAAAgcggaacggaaa > 2:172401/1‑129 (MQ=255) taATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTAc > 2:32126/1‑140 (MQ=255) taATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTAc < 2:259011/140‑1 (MQ=255) gCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAAc < 2:239751/140‑1 (MQ=255) aTGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGaa > 1:269412/1‑140 (MQ=255) gATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCGCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTg > 1:195516/1‑140 (MQ=255) aaaTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAAATTGAATCTGAAAGTAATTACta > 2:145071/1‑140 (MQ=255) aaaTTTGATAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACta < 2:130759/140‑1 (MQ=255) aTTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTAATTGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAGAATTATACACTTGAATCTGACAGTAAttcgtatc > 2:65081/1‑134 (MQ=255) tGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACAAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAAtt > 2:168417/1‑140 (MQ=255) tGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACaa < 2:5921/140‑1 (MQ=255) ttataataTTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGtt < 1:11119/138‑1 (MQ=255) gATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTa < 1:116051/140‑1 (MQ=255) ataataTTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTaa > 1:169722/1‑140 (MQ=255) atatTAAATAAATAAACTTACACAAGCAAAGATTAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACtt < 2:178627/140‑1 (MQ=255) tatGAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACttt > 2:50048/1‑140 (MQ=255) ttAAATAAAAAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCTCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTa < 1:111342/140‑1 (MQ=255) aaaGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCa < 2:202449/140‑1 (MQ=255) cacaAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTattaatta > 2:155772/1‑140 (MQ=255) | AATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTA > CP000730/790660‑790899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |