BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	CP000730	512620 =	71 (1.040)	39 (0.830) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	31/180	NT	44.3%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
*	?	CP000730	1998278 =	NA (NA)	39 (0.830) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	31/180	NT	44.3%	intergenic (‑6/+5)	USA300HOU_t0050/rrf4	tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 150 total aligned reads displayed.

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gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:49519‑M1/1‑1 (MQ=255)

gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggatgtgttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  1:638619‑M1/1‑1 (MQ=255)

aGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                              >  1:551535/1‑141 (MQ=255)

 tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaggtaaaa                                                                                                                                             <  1:456715‑M1/2‑1 (MQ=255)

 gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACCAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAAATTTaa                                                                                                                                             >  1:778414/1‑141 (MQ=255)

  cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                            <  1:97806‑M1/3‑1 (MQ=255)

  cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                            <  1:97799‑M1/3‑1 (MQ=255)

   taacctcttcccaggcctaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                           >  1:58911‑M1/138‑141 (MQ=255)

   gCGTTCAGTACAGACGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGACACTTAATTTTaaaa                                                                                                                                           >  2:475788/1‑141 (MQ=255)

    cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCACCTTAAGAAATAACTTTAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          >  1:400689/1‑141 (MQ=255)

      cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                        <  1:173666‑M1/7‑1 (MQ=255)

       gtaggacatgttaCAAATGTGTAATGTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGtt                                                                                                                                       <  2:682878/129‑1 (MQ=255)

         aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACCACACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTAACAACGCAAACTACTTTAAAAAAGTTAt                                                                                                                                     >  2:595865/1‑141 (MQ=255)

            cccattccgaacacagaaggtaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  2:128972‑M1/129‑141 (MQ=255)

            cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcaattttttactcaaattttggttaaaaaataaaatggacgagatgaAAAAggttactgc                                                                                                                                  <  2:74555‑M1/13‑5 (MQ=255)

              catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                                >  2:419949‑M1/127‑141 (MQ=255)

              aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGCAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                                >  2:545711/1‑141 (MQ=255)

                tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              >  1:176880‑M1/125‑141 (MQ=255)

                 tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                             <  2:415482/141‑1 (MQ=255)

                   aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                           <  1:755133/141‑1 (MQ=255)

                     aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         <  1:631923/141‑1 (MQ=255)

                      aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        >  2:75761/1‑141 (MQ=255)

                      aaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                        >  1:661496/1‑141 (MQ=255)

                          agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTTAATGTtgata                                                                                                                    <  2:147779‑M1/27‑1 (MQ=255)

                           gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAGTTAATTTTAGAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                   >  1:676298/1‑141 (MQ=255)

                           gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgcgagaggagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTtgataa                                                                                                                   <  2:583672‑M1/28‑1 (MQ=255)

                              gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggccgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaGAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                                <  2:491509‑M1/31‑1 (MQ=255)

                              aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAAt                                                                                                                >  1:51672/1‑141 (MQ=255)

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                                  agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                            >  1:507468‑M1/107‑141 (MQ=255)

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                                      ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                        <  2:159283‑M1/39‑1 (MQ=255)

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                                                                 tgttccgctaaagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                             >  2:120985‑M1/76‑141 (MQ=255)

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                                                                       gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                       >  1:681609‑M1/70‑141 (MQ=255)

                                                                         atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                     >  2:311198/1‑141 (MQ=255)

                                                                            tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGa                                                                  >  1:738919/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                   gCAAACAAAACAACCCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                           <  2:213083/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                           ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                   >  1:226987‑M1/50‑141 (MQ=255)

                                                                                            gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                  <  1:543284‑M1/93‑1 (MQ=255)

                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTCAAc                                                  >  1:190989/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                  >  2:612260/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                  >  2:187726/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                  <  2:707224/141‑1 (MQ=255)

                                                                                              agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                >  1:309610‑M1/47‑141 (MQ=255)

                                                                                                  ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            >  1:429984‑M1/43‑141 (MQ=255)

                                                                                                    ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                          <  1:319537‑M1/101‑1 (MQ=255)

                                                                                                     ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACTATATGTCAACGTTAATTcc                                         <  1:462853/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                     ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                         <  1:75761/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                     ctTAAGAAACAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                         <  2:611618/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                        aaGAAATAACTTGAACTACTAACCAAAATTAATGTTAAAAGGTTATTGCCATAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      <  1:364833/141‑1 (MQ=37)

                                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   >  1:122046‑M1/34‑141 (MQ=255)

                                                                                                            aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCAAAAAAAc                                  >  2:369319/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               ttggttaaaaaataaaatggacgagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                               <  2:161795‑M1/112‑1 (MQ=255)

                                                                                                               ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                               >  1:602935‑M1/30‑141 (MQ=255)

                                                                                                                tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAGAGCTGAATGAAAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                              <  2:447480‑M1/113‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  1:773225‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            >  2:643996/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                      aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                        <  1:37379‑M1/119‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      aaaaataaaataaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                        >  2:761658‑M1/23‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                      <  1:548081/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          cTACCGCAAATTCATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATCTGCCTAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGTTAATTGCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                    >  2:709082/1‑141 (MQ=21)

                                                                                                                            aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  <  2:522904/141‑1 (MQ=37)

                                                                                                                              cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGTTTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                >  1:407973/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               >  1:631560/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                tggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa              <  1:775966‑M1/129‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           <  1:696416/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  2:598591‑M1/10‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt        <  2:9045‑M1/135‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      aattTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACGATAAGTTACAAACATTAttt        <  2:79678/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        ataaTAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  2:264936‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                        aaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  2:649120‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         ttaAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATTTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt     >  1:583339‑M1/4‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAAATTATTTAGt     <  2:11850‑M1/138‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTGTTTAGTAt   <  1:568626‑M1/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt   >  1:698558‑M1/2‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                           aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATAATTTAGTAt   <  2:436494‑M1/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                            aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt  >  1:359882/1‑141 (MQ=255)

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.